结论：厂里请假超过三天就不批假并扣钱的做法是否违法，需根据具体情况判断，但未经合法程序制定并公示的、直接规定请假超三天不批且扣钱的规章制度，通常是违法的。以下从不同角度详细分析：
一、从规章制度合法性角度分析
规章制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若厂里未经上述合法程序制定请假制度，直接规定请假超三天不批且扣钱，该制度可能因程序违法而无效。
规章制度内容合法性：
- 规章制度的内容不得违反法律、行政法规的规定。例如，不得违反《劳动法》中关于劳动者休息休假权利的规定。
- 若请假制度中的扣钱规定缺乏法律依据，如未明确扣钱的具体情形、标准等，或者扣钱金额过高，可能因内容违法而无效。
规章制度公示或告知：
- 用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 若厂里未将请假制度公示或告知劳动者，劳动者有权主张该制度对其不产生约束力。
二、从请假权利与扣钱合法性角度分析
劳动者请假权利：
- 劳动者享有休息休假的权利，包括病假、事假等。在符合法律法规和单位规章制度的前提下，劳动者有权申请请假。
- 若劳动者因合理原因需要请假，且已按照单位规定履行请假手续，单位无正当理由不得拒绝批准。
扣钱合法性：
- 单位因劳动者请假而扣钱，必须基于合法有效的规章制度，且扣钱的具体情形、标准等需明确规定。
- 若单位无法提供合法有效的规章制度作为扣钱依据，或者扣钱规定违反法律法规，劳动者有权拒绝扣钱，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、实际操作建议
对于劳动者：
- 在请假前，应仔细阅读单位的请假制度，了解请假流程、审批权限以及扣钱规定等。
- 如需请假，应按照单位规定履行请假手续，并保留好相关证据（如请假条、审批记录等）。
- 若单位拒绝批准请假或扣钱，且无法提供合法依据，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应制定合法有效的请假制度，明确请假流程、审批权限以及扣钱规定等，并确保制度内容不违反法律法规。
- 在制定请假制度时，应充分听取职工意见，与工会或职工代表平等协商确定。
- 应将请假制度公示或告知劳动者，确保劳动者了解并遵守制度规定。
举例：假设某厂规定“员工请假超过三天，需经厂长批准，否则按旷工处理并扣发当月工资”。若该规定未经职工代表大会讨论或公示，且扣发工资的标准过高（如扣发全部工资），则该规定可能因程序违法和内容违法而无效。员工在符合请假条件的情况下申请请假，若厂长无正当理由拒绝批准，员工有权拒绝扣钱，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：厂里请假超过三天就不批假并扣钱的做法是否违法，需根据请假制度的合法性、劳动者请假权利以及扣钱合法性等多方面因素综合判断。若您遇到类似情况，建议直接向我咨询，以便更准确地分析具体情况并给出法律建议。