在患者不同意的情况下，卫生行政部门通常不会直接进行事故鉴定，而是会遵循一定的程序和规定来处理医疗事故争议。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，医疗事故技术鉴定通常是由医学会来组织的，而不是直接由卫生行政部门进行。当卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，如果认为需要进行医疗事故技术鉴定，它会书面移交负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会来组织鉴定。

在这个过程中，医患双方当事人的协商和同意是重要的环节。如果医患双方当事人协商解决医疗事故争议，并且需要进行医疗事故技术鉴定，那么应该由双方当事人共同书面委托医疗机构所在地负责首次医疗事故技术鉴定工作的医学会进行鉴定。这意味着，如果患者不同意进行鉴定，那么医学会通常不会受理该鉴定申请。

另外，根据相关规定，医学会受理医疗事故鉴定的条件包括双方当事人的共同委托（除非是由卫生行政部门移交的情况）。如果当事人一方直接向医学会提出鉴定申请，或者存在其他不符合受理条件的情形（如医疗事故争议已经人民法院调解达成协议或判决、当事人已向人民法院提起民事诉讼等），医学会将不予受理。

在特殊情况下，如果医疗机构不配合医疗事故技术鉴定，比如不如实提供相关材料或不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行，那么医疗机构应当承担医疗事故责任。但这种情况下，仍然需要患者向卫生行政部门提出请求，并由卫生行政部门委托医学会进行等级判定和责任程度判定，而不是直接由卫生行政部门进行事故鉴定。

综上所述，在患者不同意的情况下，卫生行政部门通常不会直接进行事故鉴定。医疗事故技术鉴定需要医患双方当事人的共同委托（或卫生行政部门的移交），并由医学会来组织进行。如果患者不同意鉴定，那么应该通过协商、调解或其他法律途径来解决医疗事故争议。