结论：房子因未通过综合验收而无法办理房产证，但已交付，这一行为是否合法需分情况讨论。一般来说，未通过综合验收的房子交付可能涉及违法，且购房者有权要求开发商承担相应责任。
一、法律背景与规定
综合验收的重要性：
- 根据《城市房地产开发经营管理条例》等相关法律法规，房地产开发项目必须经过综合验收合格后，方可交付使用。综合验收是对房屋质量、配套设施、规划执行情况等多方面的全面检查，确保房屋符合交付条件。
房产证办理的条件：
- 房产证是房屋所有权的法律凭证，其办理通常要求房屋已经通过综合验收，并具备其他相关条件（如完成初始登记、缴纳相关税费等）。未通过综合验收的房屋，通常无法办理房产证。
二、交付未通过综合验收房屋的合法性分析
违法交付：
- 如果开发商在房屋未通过综合验收的情况下就进行交付，这通常构成违法交付。因为综合验收是法律规定的交付前提条件，未满足这一条件就交付房屋，违反了相关法律法规。
购房者权益保护：
- 购房者有权要求开发商承担违法交付的责任。这可能包括要求开发商进行整改、赔偿损失（如因无法办理房产证而导致的交易障碍、租金损失等）、甚至解除合同并要求退房等。
三、购房者应采取的措施
与开发商协商：
- 购房者可以首先与开发商进行协商，要求开发商尽快完成综合验收并办理房产证。同时，可以要求开发商就违法交付行为给予相应的赔偿或补偿。
向相关部门投诉：
- 如果协商无果，购房者可以向当地房地产管理部门或建设行政主管部门进行投诉。这些部门有权对开发商的违法交付行为进行调查和处理，并可能要求开发商承担相应的法律责任。
寻求法律途径解决：
- 如果投诉仍无法解决问题，购房者可以通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括提起民事诉讼，要求开发商承担违约责任、赔偿损失等。
四、特殊情况下的考虑
- 在某些特殊情况下，如因政府原因导致综合验收延迟或无法进行，开发商可能不承担全部责任。但即便如此，开发商也有义务及时告知购房者相关情况，并积极采取措施解决问题。
建议：作为购房者，在遇到房屋未通过综合验收而无法办理房产证的情况时，应保持冷静并采取积极措施来维护自己的权益。如果需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。