结论：工作年限是否算作考药师证的条件，主要取决于药师证报考的具体规定以及您与第三方公司签订的协议内容。以下从不同角度为您详细分析：

1. 药师证报考规定：

   • 药师证的报考通常会有一定的学历和工作经验要求。这些要求是由国家或地方药品监督管理部门制定的，旨在确保药师具备足够的专业知识和实践经验。
   • 您需要查阅最新的药师证报考规定，了解具体的工作年限要求。如果规定中明确指出，工作年限需在特定行业或岗位上计算，那么您在医院的工作年限是否符合要求，就取决于这些规定。

2. 与第三方公司的协议内容：

   • 您与第三方公司签订的协议中，可能会明确约定您的工作年限、岗位性质以及这些年限和岗位是否可用于报考药师证等职业资格。
   • 如果协议中有相关条款，且这些条款与药师证报考规定不冲突，那么您的工作年限通常可以按照协议约定来计算。
   • 特别提醒：如果协议中的条款与药师证报考规定存在冲突，或者协议中未明确提及工作年限与报考药师证的关系，那么您需要谨慎考虑。在这种情况下，建议您先咨询药品监督管理部门或相关考试机构，了解他们对于工作年限的具体要求，再与第三方公司协商解决。

3. 实际操作建议：

   • 查阅报考规定：首先，您需要查阅最新的药师证报考规定，了解具体的工作年限和其他要求。
   • 审查协议内容：其次，仔细审查您与第三方公司签订的协议，特别是关于工作年限和岗位性质的条款。
   • 咨询与协商：如果报考规定与协议内容存在冲突或不明确之处，建议您先咨询药品监督管理部门或相关考试机构，再与第三方公司进行协商，以明确您的工作年限是否可用于报考药师证。

可能遇到的法律后果：

• 如果您未经核实工作年限是否符合报考要求，就擅自报名参加药师证考试，可能会面临考试无效、成绩取消等后果。
• 如果您与第三方公司在协议中对于工作年限与报考药师证的关系存在争议，且无法协商解决，可能需要通过法律途径来维护自己的权益。

总结与建议：

• 在决定报考药师证之前，务必先查阅最新的报考规定，并仔细审查您与第三方公司签订的协议内容。
• 如果存在任何疑问或不明确之处，及时咨询药品监督管理部门、相关考试机构或专业律师（如我），以确保您的权益得到保障。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。