结论：钱付清后合同依然有效，微信付款时在合同上备注或微信转账备注都是可行的，且建议进行备注以降低风险。以下为详细说明：

1. 钱付清后合同的效力
   • 即使您已经按照付费协议的约定把钱付清了，合同并不会因此就失去效力。合同是双方自愿达成的具有法律约束力的协议，只要合同内容合法合规，在双方履行完各自主要义务（如付款、提供服务等）后，合同中关于双方权利义务的其他约定，比如保密条款、违约责任条款等，依然对双方有约束力。例如，如果合同中约定了您在付款后仍需承担一定的保密义务，那么您就需要继续遵守该约定，否则可能会面临违约责任。
2. 微信付款时合同备注与微信转账备注的选择及作用
   • 合同备注：如果您是在签订书面付费协议时，直接在合同文本上进行备注，明确付款的相关信息，如付款时间、付款方式（微信付款）、付款金额等，这是一种非常规范且稳妥的做法。这样备注的好处在于，合同作为双方权利义务的主要依据，备注信息与合同其他条款融为一体，在后续可能出现的纠纷中，能够更直接、清晰地证明付款事实，减少双方对付款情况的争议。
   • 微信转账备注：如果您已经签订了合同，但在付款时通过微信转账，在微信转账界面进行备注也是一种有效的方式。微信转账备注可以简单明了地说明该笔转账的用途，比如“支付[合同名称]款项”等。虽然微信转账备注的证明力相对合同备注可能稍弱一些，但在实际操作中，它也能在一定程度上证明付款的事实和用途。而且，微信转账记录本身也是一种电子证据，结合转账备注，可以在发生纠纷时为证明付款情况提供有力的支持。
3. 备注的建议
   • 为了最大程度地保障您的权益，降低潜在的法律风险，建议您在付款时尽量在合同上进行备注。如果确实无法在合同上备注，那么一定要在微信转账时进行准确、清晰的备注。同时，保留好相关的证据，如合同原件、微信转账记录（包括转账截图、转账电子回单等），以便在需要时能够及时提供给相关部门或机构，证明您的付款情况。

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