结论：双方在合同中备注钱已经付清，这一备注在符合法律规定且不存在其他无效情形时，是具有法律保护效力的。
分析说明：
合同备注的法律效力：
- 合同是双方意思表示一致的协议，一旦成立并生效，就对双方具有法律约束力。合同中的备注，作为合同的一部分，同样具有法律效力。如果备注中明确记载了“钱已经付清”，且这一记载是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，也没有违背公序良俗，那么这一备注就是有效的。
备注有效的条件：
- 真实性：备注的内容必须真实，即双方确实已经完成了款项的支付，且这一支付行为是合法有效的。
- 自愿性：备注必须是双方自愿达成的，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
- 合法性：备注的内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
备注无效的情形：
- 如果备注内容存在虚假，即实际上款项并未付清，或者支付行为存在违法情形，那么这一备注就是无效的。
- 如果备注是在受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响下达成的，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该备注。
法律后果：
- 如果备注有效，那么双方就应当按照备注的内容履行各自的义务。如果一方违反备注内容，另一方就有权要求其承担违约责任。
- 如果备注无效，那么双方就应当根据实际情况重新协商确定款项的支付情况，或者通过法律途径解决争议。
行动建议：
- 保留证据：为了确保备注的有效性，双方应当保留好与款项支付相关的所有证据，如转账记录、收据等。
- 及时沟通：如果在合同履行过程中出现任何问题，双方应当及时沟通并协商解决，避免问题扩大化。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就款项支付问题达成一致意见，或者认为备注内容存在无效情形，那么可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。
特殊场景提醒：
- 在某些特殊情况下，如合同涉及大额款项支付、存在复杂交易结构等，双方可能需要在备注中详细约定款项支付的具体方式、时间、条件等，以确保备注内容的明确性和可执行性。
- 如果合同备注中涉及第三方权益，如担保人、受益人等，那么双方还需要确保备注内容符合相关法律法规的规定，避免损害第三方权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。