棚户区购房安置协议与拆迁公司签订是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于拆迁公司是否具备签订该协议的主体资格以及协议内容是否合法合规。以下从不同角度进行分析：

1. 拆迁公司主体资格：

   • 合法授权：若拆迁公司经过政府相关部门授权，具备实施拆迁及安置工作的资格，那么其与购房者签订的棚户区购房安置协议通常是合法的。这种情况下，拆迁公司代表政府或相关项目方履行拆迁及安置职责，协议具有法律效力。
   • 无权代理：若拆迁公司未经授权或超越授权范围签订协议，则可能构成无权代理。此时，协议的法律效力取决于被代理人（如政府或项目方）是否追认。若被代理人追认，则协议有效；若不被追认，则协议对被代理人不发生效力，购房者可能面临权益受损的风险。

2. 协议内容合法性：

   • 合规条款：协议内容应符合相关法律法规的规定，如拆迁补偿标准、安置房交付时间、质量标准等。若协议内容合法合规，且双方自愿签订，则协议具有法律效力。
   • 违法条款：若协议中存在违法条款，如低于法定标准的拆迁补偿、侵犯购房者合法权益的条款等，则这些条款无效。购房者有权拒绝履行违法条款，并可依法维护自己的合法权益。

3. 实际操作建议：

   • 核实拆迁公司资格：在签订协议前，购房者应核实拆迁公司是否具备签订该协议的主体资格，如查看其授权文件、相关资质证书等。
   • 仔细审查协议内容：购房者应仔细阅读协议条款，确保协议内容合法合规，并明确双方的权利义务。如有疑问，可咨询专业律师或相关部门。
   • 保留证据：在签订协议过程中，购房者应保留好相关证据，如协议原件、沟通记录等，以备不时之需。

若购房者发现拆迁公司无权代理或协议内容存在违法条款，应及时向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。在处理此类问题时，购房者应保持冷静，依法行事，避免采取过激行为导致不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。