非农建设项目存在违规越界占地、擅自变更土地用途的行为，确实是违法的。以下从几个方面为你详细分析：
一、违规越界占地的违法性
土地管理法规的约束：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，任何单位和个人进行建设，需要使用土地的，必须依法申请使用国有土地；但是，兴办乡镇企业和村民建设住宅经依法批准使用本集体经济组织农民集体所有的土地的，或者乡（镇）村公共设施和公益事业建设经依法批准使用农民集体所有的土地的除外。
- 违规越界占地，即未经批准或者超出批准范围占用土地进行建设，违反了土地管理法规中关于土地使用审批和范围的规定。
法律后果：
- 违规越界占地的行为可能面临责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施、恢复土地原状等行政处罚。
- 如果情节严重，如占用大量耕地或者基本农田，还可能构成非法占用农用地罪，面临刑事处罚。
二、擅自变更土地用途的违法性
土地用途管制的原则：
- 我国实行土地用途管制制度，即国家通过编制土地利用总体规划，规定土地用途，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护。
- 擅自变更土地用途，即未经批准将农用地转为建设用地或者将建设用地用于其他非规划用途，违反了土地用途管制的原则。
法律后果：
- 擅自变更土地用途的行为可能面临责令限期改正、没收违法所得、罚款等行政处罚。
- 如果该行为导致土地被严重破坏或者造成其他严重后果，还可能构成非法转让、倒卖土地使用权罪或者非法占用农用地罪等刑事犯罪。
三、综合分析与建议
- 综合违法性：非农建设项目违规越界占地和擅自变更土地用途，往往同时违反了土地管理法规中的多项规定，具有双重违法性。
- 法律建议：对于非农建设项目，应严格遵守土地管理法规，依法申请使用土地，并按照批准的土地用途进行建设。如果确实需要变更土地用途或者扩大建设范围，应依法办理相关审批手续。
- 维权途径：如果发现非农建设项目存在违规越界占地或者擅自变更土地用途的行为，可以向当地土地管理部门举报，由土地管理部门依法进行调查处理。如果因此遭受了损失，还可以依法向人民法院提起诉讼，要求侵权人承担赔偿责任。
在实际操作中，每个案件的具体情况都有所不同，因此如果你遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。