结论：离职后公司以证书残值克扣工资的行为是否违法，需根据具体情况判断，但一般情况下这种行为是违法的，侵犯了劳动者的合法权益。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和工资支付的角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了工资的构成、支付方式及条件，且未提及证书残值作为工资扣除的依据，那么公司以证书残值克扣工资就违反了劳动合同的约定。
- 劳动者有权依据劳动合同要求公司支付全额工资，公司不得无故克扣。
工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 公司以证书残值克扣工资，属于未足额支付劳动报酬的行为，违反了法律规定。
二、从证书残值与工资的关系角度
证书残值性质：
- 证书残值通常指的是证书在使用过程中因磨损、折旧等产生的价值减少部分。它并非劳动者应得的劳动报酬，也不应作为工资扣除的依据。
- 除非劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且该规定不违反法律法规的强制性规定，否则公司无权以证书残值克扣工资。
劳动者权益保护：
- 劳动者有权获得与其劳动相对应的报酬，公司不得以任何理由非法克扣或拖欠工资。
- 若公司以证书残值克扣工资，劳动者可以依法向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
三、从公司行为的合法性与合理性角度
合法性分析：
- 公司以证书残值克扣工资的行为，若无法律依据或劳动合同约定，则构成违法行为。
- 劳动者可以依据相关法律法规，要求公司停止违法行为并支付被克扣的工资。
合理性分析：
- 即使公司认为证书残值应由劳动者承担，也应通过合法途径与劳动者协商解决，而非单方面克扣工资。
- 公司应尊重劳动者的权益，遵守法律法规和劳动合同约定，以合理、合法的方式处理与劳动者的关系。
四、建议与行动
与公司协商：
- 劳动者可以先尝试与公司协商，了解公司克扣工资的具体原因和依据，并要求公司出示相关证据。
- 若公司无法提供合法依据或证据不足，劳动者可以要求公司立即停止克扣工资并支付全额工资。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 劳动监察部门将依法对公司进行调查处理，并保护劳动者的合法权益。
申请劳动仲裁：
- 若劳动者对劳动监察部门的处理结果不满意或公司拒不执行处理决定，劳动者可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁委员会将依法裁决并保护劳动者的合法权益。
总结：离职后公司以证书残值克扣工资的行为，在一般情况下是违法的。劳动者应了解自己的权益和法律法规的规定，积极与公司协商或向相关部门投诉申请仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。