在著作权侵权案件中，行政赔偿和惩罚性赔偿一般不可以同时申请，二者在性质、适用场景和法律依据上存在明显差异，且通常不会在同一法律程序中并行主张。以下是具体分析：

1. 行政赔偿与惩罚性赔偿的性质差异
   行政赔偿是侵权人因违反行政法规（如《著作权法》中关于侵权行为的行政处罚条款）被行政机关处罚后，需向权利人承担的补偿性责任，其核心是填补权利人因侵权遭受的实际损失（如直接经济损失、合理维权费用等）。
   惩罚性赔偿则是民事法律中的特殊责任形式，旨在通过超出实际损失的赔偿（如《著作权法》第五十四条规定的“一倍以上五倍以下”）惩罚恶意侵权行为，并威慑潜在侵权者。其适用需以侵权人存在“故意”且情节严重为前提。

2. 法律程序与救济路径的独立性

   • 行政赔偿：通常通过行政机关查处侵权行为后，责令侵权人向权利人赔偿（如市场监管部门作出行政处罚决定时，可要求侵权人赔偿权利人损失）。
     
   • 惩罚性赔偿：需通过民事诉讼程序主张，权利人需向法院提起著作权侵权之诉，并在诉讼中证明侵权人存在故意及情节严重，进而请求法院判令惩罚性赔偿。
     二者分属行政与民事不同法律领域，救济程序独立，无法在同一案件中同时主张。

3. 例外情形与实务限制
   若权利人同时启动行政查处程序与民事诉讼程序（如向行政机关投诉侵权，同时向法院起诉），理论上可能分别获得行政赔偿与惩罚性赔偿判决，但需注意：

   • 实际损失的重复计算风险：行政赔偿已覆盖的实际损失（如维权费用）可能无法在惩罚性赔偿中再次主张，法院会避免权利人“双重获益”。
     
   • 惩罚性赔偿的严格适用条件：即使行政程序中认定侵权人存在故意，民事诉讼中仍需权利人独立举证（如侵权人明知侵权仍大规模实施、拒不停止侵权等），程序要求更高。

建议：若您面临著作权侵权问题，可优先通过民事诉讼主张惩罚性赔偿（若符合故意且情节严重条件），同时向行政机关举报要求查处并责令赔偿实际损失。具体策略需结合侵权情节、证据充分性及诉讼成本综合评估。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。