结论前置：在同一老板的不同公司就职，申请经济补偿时工作年限的确定需根据劳动者是否因本人原因更换工作单位而定。若为非因本人原因被安排至新用人单位，工作年限可合并计算；若为本人原因主动更换，则通常分别计算。以下是对这两种情况的详细分析：
非因劳动者本人原因更换工作单位
具体情形：
- 组织委派或任命：如劳动者通过公司内部人事调动，从一家公司调至另一家公司担任相同或类似职务。
- 公司合并、分立：因公司重组、合并或分立导致劳动者工作单位变动。
- 关联企业轮流订立劳动合同：劳动者与同一老板的多个关联企业轮流签订劳动合同，且工作内容、地点等无实质性变化。
- 其他合理情形：如劳动者仍在原工作场所、工作岗位工作，劳动合同主体由原用人单位变更为新用人单位等情况。
计算方法：
- 在上述情形下，劳动者在申请经济补偿时，可将在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。例如，劳动者在原公司工作了3年，后被安排到同一老板的另一家公司工作2年，若新公司解除劳动合同并需支付经济补偿，劳动者可按5年的工作年限主张补偿。但若原用人单位已向劳动者支付了经济补偿，新用人单位在计算支付经济补偿的工作年限时，将不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。
证据要求：
- 劳动者需提供相关证据，如劳动合同、社保缴纳记录、工资发放记录及人事调动文件等，以证明其工作年限和调动情况。
因劳动者本人原因更换工作单位
一般原则：
- 若劳动者因个人发展、自主择业等自身原因主动从一个公司辞职并应聘到同一老板的另一个公司工作，其工作年限通常不合并计算，而是分别计算在各个公司的工作时间。
举例说明：
- 小王在A公司工作了3年后，为寻求新的职业挑战主动辞职，并应聘到同一老板的B公司工作。2年后，B公司因业务调整与小王解除劳动合同。此时计算经济补偿时，仅依据小王在B公司的2年工作年限来计算，其在A公司的3年工作年限不纳入计算范围。
注意事项
- 证据保留：无论何种情况，劳动者都应妥善保留所有与工作相关的证据，以便在申请经济补偿时能够证明自己的工作年限和调动情况。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第十条：劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作的，劳动者在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位的工作年限。原用人单位已经向劳动者支付经济补偿的，新用人单位在依法解除、终止劳动合同计算支付经济补偿的工作年限时，不再计算劳动者在原用人单位的工作年限。
- 《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十六条：劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，原用人单位未支付经济补偿，劳动者依据劳动合同法第三十八条规定与新用人单位解除劳动合同，或者新用人单位向劳动者提出解除、终止劳动合同，在计算支付经济补偿或赔偿金的工作年限时，劳动者请求把在原用人单位的工作年限合并计算为新用人单位工作年限的，人民法院应予支持。
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