如果法人大概知道是店长和员工存在恶意操作的情况，首先需要明确的是，法人应当积极采取措施来查明事实真相，并依法维护公司的合法权益。以下是从不同角度给出的分析和建议：
一、法律背景与依据
公司治理结构：根据《公司法》的相关规定，公司法人（通常指董事长或执行董事）是公司的法定代表人，负责公司的日常经营管理和决策。法人有义务确保公司的经营活动合法合规，并维护公司的利益。
员工行为规范：员工应当遵守公司的规章制度和法律法规，不得从事损害公司利益的行为。如果店长和员工存在恶意操作，如贪污、挪用资金、泄露商业秘密等，这些行为都可能构成违法或犯罪。
法律责任：对于店长和员工的恶意操作行为，如果查证属实，他们可能需要承担民事责任（如赔偿损失）、行政责任（如罚款、吊销执照等）甚至刑事责任（如贪污罪、挪用资金罪等）。
二、具体应对措施
内部调查：
- 法人可以组织内部调查团队，对店长和员工的操作行为进行全面审查。
- 调查过程中，应确保程序的合法性和公正性，避免侵犯员工的合法权益。
- 收集相关证据，如账目记录、交易凭证、通讯记录等，以支持调查结论。
法律程序：
- 如果内部调查发现店长和员工确实存在恶意操作行为，法人应立即向公安机关报案，并配合警方进行调查。
- 同时，法人也可以考虑向法院提起民事诉讼，要求店长和员工赔偿公司因恶意操作行为所遭受的损失。
公司治理改进：
- 针对此次事件，法人应反思公司治理结构中存在的问题，如内部控制机制是否健全、监督机制是否有效等。
- 采取措施加强公司治理，如完善规章制度、加强员工培训、建立更有效的监督机制等，以防止类似事件再次发生。
三、可能面临的法律后果
如果店长和员工的行为构成犯罪：
- 他们将面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 公司作为受害方，有权要求犯罪嫌疑人赔偿损失，并可以通过刑事附带民事诉讼的方式实现这一权利。
如果店长和员工的行为不构成犯罪但违反公司规章制度或法律法规：
- 他们可能面临公司的内部处罚，如警告、罚款、解雇等。
- 同时，他们也可能需要承担民事责任，如赔偿公司因他们的行为所遭受的损失。
四、建议与提醒
- 保持冷静与理性：在处理此类事件时，法人应保持冷静与理性，避免情绪化决策。
- 及时咨询专业律师：由于此类事件涉及复杂的法律问题和程序，法人应及时咨询专业律师的意见，以确保处理方式的合法性和有效性。
- 加强预防与监督：法人应重视公司治理结构的完善和内部控制机制的建立，加强预防与监督，以降低类似事件的发生概率。
总之，如果法人发现店长和员工存在恶意操作行为，应积极采取措施查明事实真相，并依法维护公司的合法权益。同时，法人也应反思公司治理结构中存在的问题，并采取措施加以改进。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。