如公司有两位法人存在不正当行为，公司应首先明确其行为的性质及后果，并依据相关法律法规及公司章程采取相应措施。具体分析如下：
一. 明确不正当行为的性质及后果
- 公司应详细调查两位法人的不正当行为，包括但不限于违反公司章程、违法违规操作、损害公司利益等行为。
- 根据调查结果，评估这些行为对公司造成的实际损失和潜在风险。
二. 依据法律法规及公司章程采取措施
内部处理：
- 如果两位法人的行为违反了公司章程或内部规定，公司可以依据相关规定进行内部处理，如警告、罚款、撤销职务等。
- 例如，如果公司章程规定法人不得利用职务之便谋取私利，而两位法人违反了这一规定，公司可以依据章程进行处罚。
法律追责：
- 如果两位法人的行为触犯了法律，公司应依法向有关部门举报，并配合调查。
- 根据《中华人民共和国公司法》第一百四十九条，如果董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。因此，如果两位法人的不正当行为导致了公司损失，公司可以依法追究其赔偿责任。
变更法人：
- 如果两位法人的行为严重损害了公司的利益和声誉，且无法通过内部处理或法律追责解决，公司可以考虑变更法人。
- 根据《中华人民共和国公司法》第十三条，公司法定代表人可以依照公司章程的规定进行变更，并应办理变更登记。
三. 预防与监督
- 公司应建立健全的监督机制，加强对法人的监督和管理，防止类似事件再次发生。
- 定期对法人进行培训和考核，提高其法律意识和职业素养。
我建议公司在处理此类问题时，应充分考虑法律法规及公司章程的规定，确保处理措施的合法性和有效性。同时，公司也应加强内部管理和监督，预防类似问题的再次发生。如有进一步需要，您可以继续咨询我。