公司按实际出勤天数算工资，在合法且双方有明确约定的前提下，是可以的；但若存在损害劳动者权益或违反法律规定的情况，则不合法。以下是对此问题的详细分析：
合法且合理的情况
符合法律规定和约定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定工资按照出勤天数来计算，且这一约定不违反国家法律法规的强制性规定，那么这种做法是合法的。例如，合同中明确规定“工资计算方式为基本工资除以应出勤天数，再乘以实际出勤天数”。
- 对于非全日制用工形式，如按小时计酬的兼职工作，根据法律规定，其劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日，且通常依据实际出勤情况（如小时数）计算工资，这既符合法律规定也是合理的。
与工作性质匹配：
- 对于某些临时性、季节性或项目性工作，按出勤天数计算工资能更准确地反映劳动者的实际劳动付出。比如，建筑行业中的短期项目临时工，由于工程可能受天气等因素影响而间歇性施工，因此按出勤天数计发工资能更合理地体现其实际工作贡献。
不合法或不合理的情况
损害劳动者权益：
- 如果用人单位未经与劳动者协商，单方面随意采用按出勤天数计算工资的方式，导致劳动者收入大幅减少或低于当地最低工资标准，这种做法是不合法的。它违反了劳动合同的公平原则，也损害了劳动者的合法权益。
- 用人单位不能通过随意增加正常工作时间内的应出勤天数来减少劳动者的休息时间，同时仍按原出勤天数计发工资。这种做法实际上降低了劳动者的单位时间工资水平，同样属于不合法行为。
未依法计算加班工资：
- 如果劳动者存在加班情况，但在按出勤天数计算工资时，用人单位未按照法律规定对加班部分支付相应的加班工资，这种计算方式也是不合法的。它违反了劳动法中关于加班工资支付的相关规定。
未考虑带薪假期：
- 员工依法享有的带薪年假、病假（在规定医疗期内）、婚假、产假、陪产假等带薪假期，用人单位应视为正常出勤并支付工资。若因这些假期而扣除工资，则属于不合法行为。
特殊注意事项
- 最低工资标准：无论采用何种工资计算方式，用人单位支付劳动者的工资均不得低于当地最低工资标准。
- 劳动合同约定：具体的工资计算方式应在劳动合同中明确约定，以避免纠纷。若劳动合同中已有明确约定，用人单位应严格按照合同约定执行。
- 沟通与协商：如劳动者认为工资发放不符合约定或法律规定，应首先与公司沟通协商；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
示例说明
假设某劳动者与用人单位在劳动合同中明确约定了工资计算方式为“基本工资2000元除以应出勤天数21.75天，再乘以实际出勤天数”。若该劳动者某月实际出勤15天，则其应得工资为：\(2000 \div 21.75 \times 15 \approx 1379.31\)（元）。这种计算方式在合法且双方有明确约定的前提下，是合理的。
总结来看，公司按实际出勤天数算工资是否合法，需综合考虑劳动合同中的约定、法律法规的要求以及工作性质的特点。在确保合法、公平且双方有明确约定的前提下，该做法可以视为合法且合理；但若存在损害劳动者权益或违反法律规定的情况，则应判定为不合法。因此，在实际操作中，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保工资计算方式的合法性和合理性。劳动者也应了解自身权益，以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。