结论：自然人建筑劳务公司差成本票，但其他税正常交，是否构成犯罪不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

一、可能涉及的罪名及构成要件

1. 逃税罪：

   • 构成要件：根据《中华人民共和国刑法》第二百零一条，逃税罪是指纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的行为。
   • 分析：若公司差成本票是为了隐瞒真实收入，从而减少应纳税额，且逃避缴纳的税款数额较大并占应纳税额百分之十以上，则可能构成逃税罪。但若公司只是因管理不善或疏忽导致成本票缺失，并无故意隐瞒收入、逃避税款的目的，则不构成逃税罪。

2. 虚开发票罪：

   • 构成要件：根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开发票罪是指虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票以外的发票，情节严重的行为。
   • 分析：若公司为了弥补成本票的缺失，而虚开其他发票（如普通发票）用于财务报销或税前扣除，且情节严重（如虚开发票数额较大、多次虚开等），则可能构成虚开发票罪。但若公司并未虚开发票，而是积极寻求合法途径解决成本票问题，则不构成此罪。

二、不构成犯罪的情况

1. 非故意行为：

   • 若公司差成本票是由于管理不善、疏忽大意或不可抗力等原因导致，且公司并无故意隐瞒收入、逃避税款或虚开发票的目的，则不构成犯罪。但公司仍需承担相应的行政责任，如补缴税款、缴纳滞纳金和罚款等。

2. 及时补救措施：

   • 若公司在发现差成本票后，及时采取补救措施，如积极与供应商沟通补开发票、调整财务处理方式等，以消除潜在的法律风险，且未造成严重后果的，通常不会被追究刑事责任。

三、法律建议

1. 加强内部管理：

   • 公司应建立健全的财务管理制度，加强对成本票等财务凭证的管理和审核，确保财务数据的真实性和准确性。

2. 积极寻求合法途径解决成本票问题：

   • 若公司确实存在成本票缺失的情况，应积极与供应商沟通补开发票，或通过其他合法途径解决成本票问题，避免采取虚开发票等违法行为。

3. 及时咨询专业律师：

   • 若公司面临税务稽查或法律纠纷，应及时咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，制定合理的应对策略，以维护公司的合法权益。

总结：自然人建筑劳务公司差成本票但其他税正常交，是否构成犯罪需结合具体情况判断。公司应加强内部管理，积极寻求合法途径解决成本票问题，并在面临法律风险时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。