合同中约定全额扣保证金是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
一、合法情形
合同有明确约定且不违反法律强制性规定：
- 如果合同中明确约定了保证金的扣除条件、方式和比例，并且这些约定不违反法律的强制性规定（如《民法典》中关于合同效力、违约责任等的相关规定），那么全额扣除保证金可能是合法的。
- 例子：甲乙双方签订了一份买卖合同，约定买方需支付一定比例的保证金作为履约保障。合同中明确规定，如果买方违约，卖方有权全额扣除保证金作为违约金。在这种情况下，如果买方确实违约，卖方全额扣除保证金就是合法的。
保证金性质符合法律规定：
- 保证金通常用于担保合同的履行，其性质应符合法律的规定。如果保证金被明确为定金性质，并且符合定金的相关法律规定（如定金数额不超过主合同标的额的20%），那么全额扣除（在定金范围内）可能是合法的。但需注意，定金与违约金不能同时主张，且定金数额有限制。
- 例子：甲乙双方签订了一份服务合同，约定乙方向甲方支付一定数额的定金作为履约担保。合同中明确规定，如果乙方违约，甲方有权没收定金。在这种情况下，如果乙方违约且定金数额未超过法定限制，甲方没收定金就是合法的。但这里的“没收”实际上是在定金范围内的扣除，若合同约定“全额扣保证金”且该保证金被认定为定金，则需确保扣除金额不超过法定定金限额。
二、违法情形
合同约定违反法律强制性规定：
- 如果合同中关于全额扣除保证金的约定违反了法律的强制性规定（如《民法典》中关于违约金过高可调整的规定），那么该约定可能是无效的。
- 例子：甲乙双方签订了一份租赁合同，约定承租方需支付高额保证金。合同中规定，如果承租方提前退租，出租方有权全额扣除保证金。但如果该保证金数额过高，且扣除后显失公平（如保证金远超过出租方实际损失），那么该约定可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
保证金性质被误认或滥用：
- 如果保证金被误认为或滥用为其他性质（如罚款、罚金等），并且这些性质不符合法律的规定，那么全额扣除保证金可能是违法的。
- 例子：甲乙双方签订了一份合作协议，约定合作方需支付一定数额的保证金。但协议中却将保证金描述为“罚款”，并规定在合作方违约时全额扣除。这种情况下，由于“罚款”并非法律上的合法概念，且该约定可能违反了法律的强制性规定（如关于违约金的规定），因此全额扣除保证金可能是违法的。
三、法律建议
审查合同条款：
- 在签订合同时，应仔细审查合同中关于保证金的条款，确保约定合法、合理且明确。
咨询专业律师：
- 如果对合同条款有疑问或不确定其合法性，建议咨询专业律师以获取法律意见。虽然这里我作为张湛秋律师已经给出了一些分析，但具体案件仍需具体分析。
保留证据：
- 在合同履行过程中，应保留好与保证金相关的所有证据（如支付凭证、合同文本、沟通记录等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
如果您有具体的合同纠纷问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。