结论：业主违法多收保证金，并再从里面扣违约金的行为，一般是不合法的。下面我将从多个角度为您详细分析。

一、保证金与违约金的法律性质

1. 保证金：保证金通常是作为合同履行的一种担保方式，由一方（在此情境下为业主）收取，以确保另一方（租户或购房者等）能够按照合同约定履行其义务。保证金的收取应当有明确的合同依据，并且金额应当合理，不能随意设定。

2. 违约金：违约金是合同双方约定的，在一方违约时，由违约方向守约方支付的一定数额的金钱。违约金的设定也是为了保障合同的履行，但其性质与保证金不同，它是对违约行为的一种经济制裁。

二、业主违法多收保证金的问题

如果业主在没有合同依据或合同依据不明确的情况下，违法多收保证金，这本身就违反了合同法的相关规定。合同应当遵循公平、诚实信用的原则，任何一方不得利用自己的优势地位，损害对方的合法权益。因此，业主违法多收保证金的行为，是不受法律保护的。

三、从保证金中扣违约金的问题

1. 合同有明确约定：如果合同中明确约定了，在租户或购房者违约时，业主可以从保证金中扣除相应金额的违约金，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除行为在合同层面是合法的。但前提是保证金的收取本身必须是合法的，且扣除的违约金金额应当合理，不能超过合同约定的限额或实际损失的合理范围。

2. 合同无明确约定或约定违法：如果合同中没有明确约定可以从保证金中扣除违约金，或者这种约定违反了法律法规的强制性规定（如保证金的收取本身就是违法的），那么业主从保证金中扣除违约金的行为就是不合法的。在这种情况下，租户或购房者有权要求业主返还被扣除的保证金，并可能要求业主承担相应的法律责任。

四、法律建议

1. 审查合同：首先，您应当仔细审查与业主签订的合同，查看其中关于保证金和违约金的约定是否合法、合理。

2. 与业主协商：如果发现合同中存在不合法或不合理的条款，您可以尝试与业主进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。

3. 寻求法律救济：如果协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。这包括向相关部门投诉、申请仲裁或提起诉讼等。

最后，我想强调的是，法律问题往往复杂多变，每个具体案件都有其独特的事实和法律背景。因此，在处理此类问题时，我建议您直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更详细、更准确的法律建议。