结论：罚款两天工资即按三倍工资的做法，在大多数情况下是不合法的。具体是否合法，需结合罚款的原因、公司规章制度以及相关法律法规来综合判断。
分析：
从罚款的合法性角度分析：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位不得随意对员工进行罚款。罚款通常需要有明确的法律依据或公司规章制度作为支撑，且这些规章制度必须经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 如果公司规章制度中明确规定了某种违规行为将受到罚款处罚，并且该规章制度已经按照法定程序制定并公示，那么公司对员工进行罚款可能是合法的。但罚款的金额和方式必须合理，不能违反法律法规的强制性规定。
从罚款金额与工资的关系角度分析：
- 罚款两天工资即按三倍工资的说法，实际上是将罚款金额与员工的日工资挂钩，并进行了不合理的放大。这种做法缺乏法律依据，且可能违反劳动法中关于工资支付和保护的规定。
- 劳动法规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。罚款不应成为用人单位克扣或拖欠员工工资的理由。
从公司规章制度的角度分析：
- 即使公司规章制度中规定了罚款条款，也需要确保这些条款不违反法律法规的强制性规定，且已经经过民主程序制定并公示。
- 如果公司规章制度中的罚款条款存在不合理或违法之处，员工有权拒绝执行，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
建议：
- 对于员工：如果公司对你进行了不合理的罚款，你可以首先与公司沟通协商，要求公司说明罚款的依据和合理性。如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：公司应当制定合法合理的规章制度，并确保这些规章制度已经经过民主程序制定并公示。在处罚员工时，应当遵循法律法规的规定，确保处罚的合法性和合理性。避免采取不合理的罚款方式，以免引发劳动争议和法律风险。
可能后果：
- 如果公司违法对员工进行罚款，员工有权要求公司返还罚款金额，并可能获得相应的经济补偿。
- 公司可能因违法罚款行为而面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 长期的违法罚款行为可能损害公司的声誉和形象，影响公司的长期发展。
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