关于“旷工一天罚款三天工资是否合法”的问题，这并非一个简单的是非判断，而是需要结合具体的法律法规、企业内部管理制度以及劳动合同的约定来综合考量。

首先，从法律法规的角度来看：

我国《劳动法》和《劳动合同法》明确规定了用人单位应按时足额支付劳动者劳动报酬，并未赋予用人单位对员工进行罚款的权利。同时，《工资支付暂行规定》也指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，才可按要求赔偿，且扣除部分不得超过月工资的20%，并需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。旷工一天，并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此，直接扣除三天工资的做法，在法律上缺乏明确的依据。

其次，从企业内部管理制度和劳动合同的角度来看：

虽然企业有权根据自身情况制定管理制度或劳动合同来约定旷工的处理办法，但这些规定必须合法、合理，且不违反劳动法的原则和精神。如果企业的规章制度或劳动合同中明确规定了旷工一天将扣3天工资，并且这一规定经过了合法的程序制定和公示，从形式上看似乎具有某种“合法性”。然而，这并不意味着所有类似的扣罚方式都是合理的。企业在制定规章制度时，应确保规定的合理性、公平性，并充分考虑到员工的权益和感受。扣罚方式不应过分严厉，以至于构成对劳动者劳动报酬权利的侵犯。

再者，从实际操作和公平合理的角度来看：

旷工一天，用人单位可以不支付当天的工资，这是基于劳动者未提供相应劳动的合理对应措施。但额外扣除两天工资，则构成了超出合理范围的惩罚，损害了劳动者的合法权益，也破坏了劳动关系的和谐稳定。

综合建议：

对于用人单位而言，在制定和执行相关规定时，应谨慎考虑各方面因素，确保规定的公平、公正和合理。如果劳动者旷工确实给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但赔偿的扣除部分应严格遵守法律法规的规定。

对于劳动者而言，如果遇到不合理的克扣工资行为，首先应与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总之，“旷工一天罚款三天工资”的做法，在大多数情况下是不合法的，也不符合公平合理的原则。无论是用人单位还是劳动者，都应增强法律意识，遵守相关法律法规，共同营造一个公平、合理的劳动环境。