结论：针对固定补贴、差旅、餐补等福利的发放，仅签署协议并不一定完全合法合规，通常还需要结合员工手册或相关规章制度来共同规范，以确保不违反法律法规。

详细分析：

1. 协议与员工手册的关系：

   • 协议：是雇主与员工之间就特定事项达成的双方共识，具有法律约束力。对于固定补贴、差旅、餐补等福利，如果仅通过协议来约定，虽然可以明确双方的权利和义务，但可能缺乏全面性和系统性。
   • 员工手册：是雇主制定的，用于规范员工行为、明确公司政策和管理制度的文件。它通常包含了公司的各项规章制度、福利待遇、工作流程等内容，是员工了解公司文化和政策的重要途径。将固定补贴、差旅、餐补等福利纳入员工手册，可以确保这些福利的发放有章可循，减少争议和误解。

2. 法律法规的要求：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，雇主在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 这意味着，对于固定补贴、差旅、餐补等福利的发放，雇主不能仅凭一纸协议就决定，还需要经过民主程序，确保员工的知情权和参与权。员工手册的制定和修改通常也需要遵循这一程序。

3. 实践中的操作建议：

   • 签署协议：对于固定补贴、差旅、餐补等福利，雇主可以与员工签署相关协议，明确福利的具体内容、发放条件、发放方式等。
   • 制定员工手册：同时，雇主应制定或完善员工手册，将这些福利纳入其中，并明确相关的规章制度和管理流程。员工手册应经过民主程序制定，并确保员工能够方便地获取和了解。
   • 培训与告知：雇主应对员工进行相关的培训，确保员工了解员工手册的内容和公司的政策。同时，雇主还应通过适当的方式（如公告、邮件等）将员工手册的内容告知员工，确保员工的知情权。

4. 可能的法律后果：

   • 如果雇主仅通过协议来约定固定补贴、差旅、餐补等福利，而未将这些福利纳入员工手册或相关规章制度中，可能会面临员工对福利发放的争议和投诉。
   • 在极端情况下，如果雇主的福利发放行为违反了相关法律法规或劳动合同的约定，还可能面临劳动仲裁或诉讼的风险。

总结与建议： 为了确保固定补贴、差旅、餐补等福利的发放合法合规，雇主应同时采取签署协议和制定员工手册两种方式。协议可以明确双方的具体权利和义务，而员工手册则可以提供全面的规章制度和管理流程。同时，雇主还应确保这些福利的发放经过民主程序，并加强对员工的培训和告知工作。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。