核心结论：用人单位一次性扣除两个月借支却按三个月扣款的行为涉嫌违法，您有权要求用人单位返还多扣的款项，并可通过协商、投诉或劳动仲裁等途径维权。以下是具体分析：
1. 法律定性：多扣款项属于违法克扣工资
根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在法定情形（如代扣社保、个税、赔偿经济损失等）下可扣款，且需符合以下条件：
- 扣款依据：需有劳动合同约定或规章制度规定；
- 扣款比例：每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准；
- 程序合法：需提前告知劳动者并经其确认。
若用人单位无法证明多扣款项的合法性（如无约定、无制度依据或未履行告知程序），则属于违法克扣工资。
2. 维权步骤：分情况处理
（1）优先协商解决
- 操作建议：与用人单位沟通，要求其提供扣款依据（如借支协议、考勤记录、损失证明等）；
- 法律依据：若用人单位无法提供合法依据，可明确要求其返还多扣款项。
（2）向劳动监察部门投诉
- 适用情形：协商无果或用人单位态度强硬；
- 操作流程：携带劳动合同、工资条、扣款记录等证据，向当地劳动保障监察大队投诉；
- 处理结果：监察部门可责令用人单位限期支付，逾期不支付可加付赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。
（3）申请劳动仲裁
- 适用情形：投诉后未解决或争议金额较大；
- 仲裁请求：可主张用人单位返还多扣工资、支付经济补偿金（如因克扣工资被迫离职）；
- 证据要求：需提供借支协议、工资条、扣款通知、沟通记录等证明用人单位违法扣款。
3. 注意事项：避免维权误区
- 保留证据：务必保存借支协议、工资条、扣款记录等书面材料；
- 时效限制：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算；
- 合法维权：避免采取过激行为（如停工、闹事），否则可能承担法律责任。
建议行动：先与用人单位协商，若无法解决，尽快向劳动监察部门投诉或申请仲裁。如需进一步协助，可提供具体证据材料，我会帮您分析维权方案。