针对“借款单位三个月公款怎么样处理”这一问题，核心在于明确借款单位占用公款三个月的性质及相应法律后果，以下是详细分析：

1. 若借款单位为合法借款且用途合规
   若借款单位与出借方（如公司、单位）存在合法有效的借款协议，且借款用途符合约定（如临时资金周转、项目专项资金等），同时未违反财务制度或法律法规的强制性规定，则借款单位需按协议约定的期限还款。

   • 处理方式：出借方可催告借款单位在合理期限内还款；若逾期未还，可依据协议约定主张违约金或利息，并通过协商、调解或诉讼等途径追讨欠款。
     
   • 法律依据：根据《民法典》第六百七十五条，借款人应按约定期限返还借款；未约定的，可随时要求返还。

2. 若借款单位涉嫌挪用公款
   若借款单位未经合法程序，擅自将公款用于个人用途或非法活动（如赌博、投资等），且超过三个月未还，可能构成“挪用公款罪”或“挪用资金罪”（视主体性质而定）。

   • 处理方式：
     
     • 刑事责任：若借款单位为国有单位或国家工作人员，可能触犯《刑法》第三百八十四条，面临五年以下有期徒刑或拘役；情节严重的，处五年以上有期徒刑。
       
     • 民事责任：出借方可要求返还公款，并主张赔偿损失（如利息、维权费用等）。
       
   • 关键点：需证明借款单位存在“擅自挪用”的主观故意及“超过三个月未还”的客观事实。

3. 若借款单位为非国家工作人员且公款性质为单位资金
   若借款单位为非国有公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利挪用本单位资金归个人使用或借贷他人，数额较大且超过三个月未还，可能构成《刑法》第二百七十二条的“挪用资金罪”。

   • 处理方式：
     
     • 刑事报案：出借方可向公安机关报案，追究借款单位及相关责任人的刑事责任。
       
     • 民事追偿：同时可提起民事诉讼，要求返还资金并赔偿损失。
       

建议行动步骤：

1. 核查借款协议：确认借款是否合法、用途是否合规、期限是否明确。
   
2. 固定证据：收集转账记录、借款协议、催款记录等，证明借款事实及逾期未还情况。
   
3. 区分性质：根据借款单位性质（国有/非国有）、资金用途（合法/非法）判断是否涉嫌刑事犯罪。
   
4. 选择途径：
   
   • 若为合法借款，优先协商或民事诉讼；
     
   • 若涉嫌犯罪，立即向公安机关报案，并同步提起民事诉讼追偿。
     

如有进一步细节（如借款单位性质、资金用途、协议内容等），可向我补充说明，以便更精准地分析法律风险及应对策略。