核心结论：农村盖房出现人员伤亡且政府责令停工时，应立即停止施工，配合调查，根据事故原因和责任划分采取相应措施，包括整改、赔偿、接受处罚等，同时可依法维护自身合法权益。以下是具体分析：

一、立即停止施工，配合调查

1. 停工义务：政府责令停工是出于安全考虑和事故调查的需要，必须立即执行。继续施工可能面临更严厉的处罚，甚至构成违法。
2. 配合调查：应积极配合政府相关部门的调查工作，提供必要的资料和信息，如实陈述事故经过和原因。

二、分析事故原因，明确责任划分

1. 事故原因调查：在政府部门的指导下，对事故原因进行深入调查，包括施工过程中的违规操作、设备故障、管理疏忽等。
2. 责任划分：根据事故原因，明确各方责任，包括施工方、业主方、监理方等。责任划分是后续处理的基础。

三、采取相应措施，处理事故后果

1. 整改措施：如果事故是由于施工过程中的违规操作或管理疏忽导致的，应立即采取整改措施，消除安全隐患，确保后续施工安全。
2. 赔偿事宜：对于事故中受伤的人员，应依法承担赔偿责任，包括医疗费、误工费、残疾赔偿金等。与受伤人员或其家属协商赔偿事宜，达成和解协议。
3. 接受处罚：如果事故构成违法或违规行为，应接受政府相关部门的处罚，包括罚款、吊销施工许可证等。

四、依法维护自身合法权益

1. 行政复议或诉讼：如果认为政府责令停工的决定或处罚存在不当之处，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
2. 保险理赔：如果购买了相关保险，如建筑工程一切险、第三者责任险等，可以向保险公司申请理赔，减轻经济负担。

五、预防措施与未来规划

1. 加强安全管理：在后续施工中，应加强安全管理，建立健全安全管理制度，确保施工过程中的安全。
2. 提高法律意识：加强对相关法律法规的学习和了解，提高法律意识，避免类似事故的再次发生。
3. 规划未来施工：在事故处理完毕后，应重新规划施工计划，确保施工过程的合法性和安全性。