结论：在异议人申请鉴定人出庭接受质询并缴纳费用后，若鉴定意见最终未被采纳，该费用是否退还，需根据具体情况及法律规定来判断，一般情况下，若鉴定意见未被采纳非因异议人原因，且符合退费条件，则费用应当退还。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
公平原则：
- 在法律程序中，公平原则是一项基本原则。若异议人因鉴定意见可能影响案件结果而申请鉴定人出庭，并支付了相关费用，但最终鉴定意见未被采纳，且非因异议人原因导致，那么从公平角度出发，退还费用是合理的。
相关法律规定：
- 虽然具体的退费规定可能因地区和具体法律条文而异，但通常法律会保护当事人的合法权益，避免不必要的经济损失。例如，在某些司法解释或地方性法规中，可能明确规定了鉴定费用退还的情形和条件。
二、退费的具体情形
鉴定意见未被采纳的原因：
- 若鉴定意见未被采纳是因为鉴定过程存在瑕疵、鉴定结论不科学或鉴定人出庭表现不佳等原因，且这些原因非异议人所能控制，那么异议人有权要求退还费用。
- 若鉴定意见未被采纳是因为异议人自身原因（如提出的问题不恰当、证据不足等），则可能难以要求退还费用。
合同或协议约定：
- 在申请鉴定人出庭时，异议人可能与鉴定机构或法院签订了相关合同或协议，其中可能明确规定了费用退还的条件和程序。若合同或协议中有明确约定，则应按照约定执行。
法院或鉴定机构的决定：
- 最终是否退还费用，可能还需由法院或鉴定机构根据具体情况作出决定。法院或鉴定机构会综合考虑鉴定意见未被采纳的原因、异议人的损失情况以及公平原则等因素，来作出是否退还费用的决定。
三、实际操作建议
保留相关证据：
- 异议人在申请鉴定人出庭并支付费用时，应保留好相关证据，如缴费凭证、申请书、鉴定意见等，以便在需要时证明自己的权益。
与鉴定机构或法院沟通：
- 若鉴定意见未被采纳，异议人应及时与鉴定机构或法院沟通，了解费用退还的具体情况和程序，并按照要求提交相关材料。
寻求法律援助：
- 若异议人在费用退还问题上遇到困难或争议，可以寻求专业律师的法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
后续思考依据：在实际操作中，费用退还问题可能因地区、具体法律条文以及案件具体情况而有所不同。因此，异议人在处理此类问题时，应充分了解相关法律规定和程序，并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的权益。若有问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。