针对您提出的“医师长期不在岗怎么处理”的问题，这确实是一个涉及医疗管理和患者权益的重要议题。以下是我根据相关法规和管理办法，为您提供的详细解答：
一、一般管理规定
打卡与考勤制度：
- 在一些地区，如宁武县凤凰镇，乡村医生（包括可能涵盖的医师）在村卫生室服务有明确的打卡和考勤要求。例如，每周至少服务5天，每天四次打卡（早上9点签到、中午11点40分签退，下午3点签到、下午五点半签退）。未按时打卡可能被视为不在岗，并按旷工处理。
请假与报备制度：
- 医师因公外出或因病、因事请假，需遵循严格的请假和报备流程。例如，在宁武县凤凰镇，请假1天需向村两委提交假条，并报镇政府包村领导同意；请假2天及以上则需更高层级的审批。
二、长期不在岗的处理措施
约谈与通报：
- 对于督查发现不在岗的医师，首先会采取约谈的方式，了解原因并提醒其遵守规定。
- 若累计多次不在岗，可能会进行全镇通报，以警示其他医师并维护医疗秩序。
经济处罚：
- 在一些情况下，对于长期不在岗的医师，可能会建议扣发其工作补助或奖金，作为经济上的惩罚。
解聘与资格取消：
- 对于严重违反规定，如年内未经批准连续脱岗外出15日或累计脱岗外出60日以上的医师，可能会上报相关部门建议取消其乡村医生资格或执业资格。
- 其他严重违规行为，如不服从管理、连续两年考核不合格等，也可能导致资格取消。
三、特殊情况与例外
紧急救治：
- 在紧急情况下，如患者病情危重、无法转运，医师可能需要外出会诊或紧急救治。这种情况下，虽然可能违反了常规的考勤制度，但根据《医师法》等相关规定，医师应当采取紧急措施进行诊治，不得拒绝急救处置。
多点执业与外出会诊：
- 根据《医师执业注册管理办法》和《医师外出会诊管理暂行规定》，医师在符合规定的情况下可以进行多点执业或外出会诊。但这需要办理相应的手续和报备，并确保不影响主执业机构的工作。
四、建议与措施
加强监管：
- 医疗机构和卫生健康行政部门应加强对医师的考勤和执业行为监管，确保医师遵守规定并履行职责。
完善制度：
- 不断完善医师执业管理和考勤制度，明确违规行为的处理措施和程序，确保制度的公平性和可操作性。
提高医师意识：
- 加强对医师的职业道德和执业规范教育，提高其对患者权益和医疗秩序的认识和重视程度。
综上所述，医师长期不在岗是一个需要严肃对待的问题。医疗机构和卫生健康行政部门应依据相关法规和管理办法，采取约谈、通报、经济处罚甚至解聘等措施来处理违规行为。同时，也应关注特殊情况下的紧急救治和多点执业需求，确保医师的执业行为既符合规定又满足患者需求。