结论概述：
甲方未付乙方运输费但货物没有收到，这一情况对甲方和乙方均可能产生影响，具体影响取决于合同条款、交易习惯以及双方的行为和证据情况。
详细分析：
对甲方的影响：
- 合同义务与违约责任：根据一般合同原则，甲方作为托运人或收货人，有义务按照合同约定支付运输费用。若甲方未支付，则构成违约，乙方有权要求甲方支付运输费及可能产生的违约金或利息。
- 货物接收与风险转移：若货物未收到，甲方需考虑货物是否已按合同约定交付给乙方运输，以及货物在运输过程中的风险转移情况。若货物仍在运输途中或因乙方原因未能交付，甲方可能需与乙方协商解决货物接收问题，并可能根据合同条款追究乙方的责任。
- 商业信誉与合作关系：甲方未支付运输费可能影响其商业信誉，对未来与乙方的合作关系产生负面影响。此外，若此事被其他合作伙伴或客户知晓，也可能对甲方的整体商业形象造成损害。
对乙方的影响：
- 收款权利与风险：乙方作为承运人，有权按照合同约定收取运输费用。若甲方未支付，乙方需采取合法手段追讨欠款，如通过协商、诉讼或仲裁等方式。同时，乙方也需关注货物是否已安全交付给甲方或甲方指定的收货人，以避免因货物丢失或损坏而承担额外责任。
- 运营成本与资金流：未收到的运输费可能影响乙方的运营成本和资金流，特别是对于依赖及时回款维持运营的小型企业而言，这种影响可能更为显著。乙方需合理规划资金，确保运营不受影响。
- 法律责任与证据保留：若因甲方未支付运输费而导致乙方采取法律手段追讨，乙方需保留好相关证据，如运输合同、发货单、收货单、沟通记录等，以证明其已履行合同义务且甲方未支付费用。这些证据在后续的法律程序中至关重要。
法律建议：
- 双方协商：首先，建议甲方和乙方通过友好协商解决争议，明确各自的权利和义务，并尝试达成和解协议。
- 审查合同条款：双方应仔细审查运输合同中的相关条款，特别是关于支付、交付、风险转移和违约责任等方面的规定，以确定各自的责任和权益。
- 保留证据：无论协商结果如何，双方都应保留好与交易相关的所有证据，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：若协商无果，双方可寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。在此过程中，律师将协助双方准备证据、起草法律文件并代表其参与诉讼或仲裁程序。
可能后果：
- 若甲方被判定需支付运输费及违约金或利息，其需承担相应的经济责任，并可能影响其商业信誉。
- 若乙方被判定需承担货物丢失或损坏的责任，其需赔偿甲方因此遭受的损失。
- 双方若因争议而诉诸法律程序，将耗费时间和金钱，并可能对双方的合作关系产生长期负面影响。因此，建议双方在争议发生时尽量通过协商解决。