在违纪事实清楚而当事人不配合谈话的情况下，是可以零口供立案的。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律原则与规定
“以事实为依据，以法律为准绳”原则：
- 在处理违纪案件时，这一原则要求我们依据已经查明的事实和适用的法律来作出判断。即使当事人不配合谈话，只要违纪事实已经通过其他证据得到充分证实，就可以依法进行立案。
零口供立案的法律依据：
- 在刑事诉讼中，虽然口供是重要的证据之一，但并非唯一证据。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。这一原则同样适用于违纪案件的处理，即只要证据确实、充分，即使当事人不配合谈话，也可以进行立案。
二、实际操作与证据收集
证据的多样性与充分性：
- 在违纪案件中，证据不仅限于当事人的口供。还可以包括书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、鉴定意见等多种形式。只要这些证据能够相互印证，形成完整的证据链，就可以证明违纪事实的存在。
不配合谈话的处理：
- 当当事人不配合谈话时，调查人员可以采取其他措施来收集证据，如调取相关文件、记录、监控视频等。同时，也可以对其他相关人员进行询问，以获取更多线索和证据。
三、立案的条件与程序
立案条件：
- 立案通常需要满足一定的条件，如违纪事实清楚、证据确实充分、需要追究纪律责任等。只要这些条件得到满足，就可以依法进行立案。
立案程序：
- 在立案过程中，调查人员需要遵循一定的程序，如制作立案报告、报请审批等。这些程序旨在确保立案的合法性和公正性。即使当事人不配合谈话，只要符合立案条件，调查人员仍然可以依法进行立案。
四、可能面临的挑战与应对
证据收集的难度：
- 在当事人不配合谈话的情况下，证据收集可能会面临一定的难度。调查人员需要更加细致地搜集和分析其他证据，以确保违纪事实得到充分证实。
当事人权利的保障：
- 在处理违纪案件时，也需要保障当事人的合法权益。即使当事人不配合谈话，调查人员仍然需要遵循法定程序，确保当事人的陈述权、申辩权等得到充分行使。
建议：在实际操作中，如果遇到违纪事实清楚但当事人不配合谈话的情况，建议调查人员及时咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保立案的合法性和有效性。同时，也可以加强与其他相关部门的沟通协调，共同推动案件的顺利处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。