结论：纪委查封公司账户后，公司原则上不能随意另开账户发放员工工资，但在符合特定条件并履行相应程序的情况下，可能存在例外。以下分情况详细说明：
查封账户的性质与目的
纪委查封公司账户通常是为了调查公司是否存在违纪违法行为（如贪污、挪用公款等），查封期间账户资金会被冻结，禁止随意支取或转移。此时，公司若未经许可另开账户发放工资，可能涉嫌隐匿、转移财产，干扰调查，甚至构成违法行为。
例外情形：申请解冻或专项使用
- 申请解冻部分资金：若公司能证明账户中部分资金与违纪违法无关（如员工工资专项资金），可向纪委或相关监督机关提出申请，要求解冻该部分资金用于发放工资。需提供工资表、劳动合同、资金来源证明等材料，证明资金用途合法且必要。
- 开设新账户的严格限制：即使查封账户资金无法解冻，公司通常也不能自行开设新账户发放工资。但若公司能证明原账户被查封导致员工基本生活困难（如拖欠工资可能引发群体性事件），可向纪委或法院申请开设“监管账户”，由第三方（如银行、政府指定部门）监督资金使用，确保专款专用。
法律风险与合规建议
- 擅自开户的风险：若公司未经许可另开账户发放工资，可能被认定为“逃避监管”或“转移财产”，相关责任人可能面临纪律处分甚至刑事责任（如《刑法》第三百一十四条规定的“非法处置查封、扣押、冻结的财产罪”）。
- 合规操作建议：公司应第一时间与纪委沟通，说明员工工资发放的紧迫性，并提交书面申请及证明材料；若沟通无果，可寻求上级纪委或法律援助机构的帮助，通过合法途径解决员工工资问题。
总结：纪委查封账户后，公司需严格遵守调查程序，不得擅自处置资金。但若涉及员工基本生活保障，可通过合法申请解冻或开设监管账户的方式解决问题。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。