综合工时制和不定时工时制的主要区别体现在适用范围、工作时间计算方式以及加班工资支付等方面。以下是对这两种工时制度的详细比较：
一、适用范围
综合工时制：
- 主要适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业职工，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业。
- 也适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工，但企业选择综合工时制更为合适的情况。
不定时工时制：
- 主要适用于因工作性质特殊，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的职工，如企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员等。
- 也适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的其他职工。
二、工作时间计算方式
综合工时制：
- 以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
不定时工时制：
- 工作时间不受固定时数限制，职工可以根据工作需要自主安排工作时间。
- 企业无需按照标准工作时间来计算和安排职工的工作和休息时间，但应确保职工完成工作任务并保障其休息权利。
三、加班工资支付
综合工时制：
- 在综合计算周期内，如果职工的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
- 如果职工在法定节假日工作，企业应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
不定时工时制：
- 由于工作时间不受固定时数限制，因此一般不存在加班工资的问题。
- 但是，如果企业安排职工在法定节假日工作，仍应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
四、其他注意事项
- 审批程序：企业实行综合工时制或不定时工时制，需向劳动保障行政部门提出申请，并获得批准后方可实施。
- 劳动合同约定：企业应在与职工签订的劳动合同中明确约定工时制度，并告知职工相关的工作时间和休息休假安排。
- 职工权益保障：无论实行哪种工时制度，企业都应保障职工的休息权利和劳动报酬权益，避免过度加班和拖欠工资等违法行为的发生。
举例说明：假设某企业实行综合工时制，以月为周期综合计算工作时间。在某个月内，职工的总实际工作时间为200小时，而该月的法定标准工作时间为176小时（22天×8小时）。那么，超出部分的24小时应视为延长工作时间，企业应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。
总结与建议：综合工时制和不定时工时制各有其特点和适用范围，企业应根据自身实际情况和职工的工作性质选择合适的工时制度。同时，企业应严格遵守相关法律法规，保障职工的合法权益。如果您对工时制度或加班工资支付等方面有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。