结论：因迟到公司直接扣除工资1000元，是否可以申请劳动仲裁取决于扣工资的行为是否合法。若扣工资行为不符合法律法规或公司规章制度，劳动者有权申请劳动仲裁。以下是对此问题的详细分析：
一、合法扣工资的情形
符合公司规章制度：
- 用人单位依法制定的规章制度中明确规定了迟到扣工资的相关条款。
- 扣除的数额合理，通常不超过劳动者当月工资的20%。
- 规章制度已经过公开公示并告知了员工。
有明确的告知程序：
- 确保员工在入职时或规章制度修订后，已被告知相关扣款规定。
- 这些规定不违反国家法律法规。
二、不合法扣工资的情形
违反公司规章制度：
- 若迟到扣工资的行为与公司规章制度不符。
- 扣除的数额明显不合理，甚至构成无故克扣工资。
制度制定程序不合法：
- 用人单位未建立有效的迟到扣款制度。
- 制度制定过程中未经法定民主程序。
- 未通知劳动者制度内容。
违反劳动法规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 任何违反此规定的扣工资行为均属不合法。
三、具体到你的情况
- 扣款金额：直接扣除1000元工资，若你的月工资不高，很可能超过了法律规定的上限（即当月工资的20%），或者扣除后的工资低于当地月最低工资标准，那么这种扣款行为是违法的。
- 规章制度：若公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者该规章制度未经民主程序制定且未向你公示，那么公司无权以迟到为由扣除你工资。
- 实际损失：若你的迟到并未给公司造成实际的经济损失，或者造成的损失与扣款金额不相符，那么公司的扣款行为也是不合理的。
四、劳动仲裁的申请条件与流程
申请条件：
- 存在劳动关系：需提供劳动合同、工资条、工作证、考勤记录等证明材料。
- 明确仲裁请求：如要求返还被克扣的工资及可能的经济补偿。
申请流程：
- 协商与调解：首先尝试与公司协商解决问题，协商不成可向调解组织申请调解。
- 准备材料：包括劳动仲裁申请书、身份证明及相关证据材料（如劳动合同、工资单、扣款记录等）。
- 提交申请：向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会递交申请材料。
- 受理与审理：仲裁委员会决定是否受理，并安排开庭审理。双方需按时参加，进行举证、质证等环节。
- 裁决结果：仲裁委员会根据审理情况作出裁决，并出具仲裁裁决书。对裁决不服者，可在规定时间内向人民法院提起诉讼。
五、建议
- 了解权益：首先了解自己的权益和公司的规章制度，确保自己的权益不受侵害。
- 收集证据：如遇不合法扣工资行为，及时收集证据，如工资条、扣款记录、公司规章制度等。
- 合法维权：通过合法途径维护自己的权益，如先尝试与公司协商沟通，协商不成时依法申请劳动仲裁。
综上所述，因迟到公司直接扣除工资1000元，若该行为不合法，你有权申请劳动仲裁。在申请前，请确保了解自己的权益和公司的规章制度，并收集好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。