公安机关违反罚缴分离制度，属于严重程序违法。具体分析如下：

1. 罚缴分离制度的法律基础与意义
   根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十七条，罚缴分离制度是行政处罚的核心程序要求，即作出罚款决定的行政机关应当与收缴罚款的机构分离，除法定特殊情形（如当场收缴罚款）外，罚款必须由当事人自行缴纳至指定银行或通过电子支付系统缴纳。该制度旨在防止行政机关既当“裁判员”又当“执行者”，避免权力滥用和利益输送，保障行政处罚的公正性与透明性。

2. 违反罚缴分离制度的程序违法性认定

   • 直接违反法定程序：若公安机关直接收取罚款（如要求当事人当场缴纳现金或转账至公安机关账户），且无法定例外情形（如当事人确有经济困难、地处偏远等），则直接违反《行政处罚法》的强制性规定，构成程序违法。
     
   • 影响行政处罚合法性：程序违法可能导致行政处罚决定被撤销或确认无效。根据《行政诉讼法》第七十条，违反法定程序的行政行为属于法定撤销情形之一。若当事人提起行政诉讼，法院可能以“程序违法”为由撤销处罚决定。
     
   • 可能引发行政责任追究：根据《行政机关公务员处分条例》第二十一条，行政机关公务员违反法定程序行使职权，情节较重的，可给予警告、记过甚至撤职处分。

3. 例外情形的严格限制
   《行政处罚法》第六十八条、第六十九条明确规定了当场收缴罚款的例外情形（如治安管理处罚中当场处罚且罚款金额较低、当事人到指定银行缴纳确有困难等）。若公安机关主张适用例外情形，需承担举证责任，证明符合法定条件。若无法证明，仍构成违法。

4. 实务影响与救济途径

   • 对当事人的影响：若公安机关违反罚缴分离制度，当事人有权拒绝直接缴纳罚款，并可要求其出具法定收缴凭证（如银行代收凭证）。若被迫缴纳，可后续通过行政复议或诉讼主张返还罚款并撤销处罚。
     
   • 对公安机关的影响：除行政处罚被撤销外，还可能面临内部纪律处分，甚至因程序违法导致行政赔偿（如因违法收缴罚款给当事人造成损失）。

建议：若您遇到公安机关违反罚缴分离制度的情形，可收集相关证据（如罚款收据、执法记录仪视频等），通过行政复议或行政诉讼主张权利。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合证据材料提供针对性法律意见。