结论：两弟兄房顶水路原来走的是一个出水口，是否可以起诉分开，这取决于多种因素，包括出水口的权属、使用情况、是否造成实际损害以及双方是否有相关约定等。以下从不同角度进行分析：

1. 出水口权属与使用情况：

   • 如果出水口是双方共同所有或共同使用的，且在使用过程中并未造成任何一方的不便或损害，那么通常没有起诉分开的必要。因为共同使用是双方默认或约定的权利，且未产生纠纷。
   • 如果出水口原本属于其中一方所有，但另一方长期无偿使用，且现在使用方希望分开使用，这可能会引发权属和使用权的争议。此时，是否可以起诉分开，需要看双方是否有相关约定，或者根据当地的习惯、法律来判断。

2. 是否造成实际损害：

   • 如果共同使用一个出水口并未对任何一方造成实际损害，如排水不畅、房屋受损等，那么起诉分开的理由可能不充分。因为法律通常保护的是实际受损方的权益。
   • 如果共同使用一个出水口已经对其中一方或双方造成了实际损害，如排水不畅导致房屋积水、墙体受损等，那么受损方有权要求分开使用或寻求其他解决方案，并可以通过法律途径来维护自己的权益。

3. 双方是否有相关约定：

   • 如果双方在购房、建房或使用过程中，已经就出水口的使用问题达成了相关约定，如共同使用、分开使用、使用费用等，那么应当按照约定来执行。如果一方违反约定，另一方可以通过法律途径来维护自己的权益。
   • 如果双方没有相关约定，那么需要根据实际情况和当地法律来判断是否可以起诉分开。这可能需要咨询当地律师或相关机构来获取更具体的法律意见。

4. 法律途径与解决方案：

   • 在考虑起诉分开之前，双方可以尝试通过协商、调解等方式来解决纠纷。这可以节省时间和成本，并维护双方的关系。
   • 如果协商、调解无果，且确实存在法律纠纷，那么受损方可以向法院提起诉讼，要求分开使用出水口或寻求其他赔偿。在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张。

建议：在处理此类纠纷时，建议双方先尝试通过友好协商或调解来解决。如果无法达成一致，且确实存在法律纠纷，那么可以寻求法律途径来维护自己的权益。同时，也建议双方在未来的使用过程中，明确约定出水口的使用权属、使用方式等，以避免类似的纠纷再次发生。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。