关于“别人在自己土地上修房子的协议是否有效”的问题，结论需分情况讨论，具体分析如下：
1. 协议有效的情形
若协议符合以下条件，通常认定为有效：
- 土地权属清晰：您能提供土地使用权证（如宅基地使用权证、集体土地建设用地使用证等），证明您对土地享有合法使用权。
- 协议内容合法：协议未违反法律强制性规定（如未改变土地用途、未违反城乡规划等），且双方意思表示真实（无欺诈、胁迫等情形）。
- 符合规划要求：若修建房屋需办理规划许可，双方已依法取得相关审批手续（如乡村建设规划许可证）。
- 无损害公共利益：房屋修建未侵害他人合法权益（如相邻权、公共道路通行权等）。
示例：您与邻居签订协议，允许其在您宅基地上修建附属用房（如车库），双方明确约定土地使用期限、房屋归属及补偿方式，且已取得乡村建设规划许可，此类协议通常有效。
2. 协议无效的情形
若协议存在以下情形，可能被认定为无效：
- 土地权属争议：土地存在权属纠纷（如您与他人对土地使用权存在争议），或您未取得合法土地使用权证明。
- 违反法律强制性规定：
- 协议约定“永久使用土地”或“转让土地使用权”，违反《民法典》关于土地使用权不得非法转让的规定；
- 房屋修建未取得规划许可，违反《城乡规划法》关于建设许可的规定。
- 损害公共利益：房屋修建影响消防安全、通风采光，或违反环保、文物保护等规定。
- 以合法形式掩盖非法目的：如通过协议变相买卖土地、逃避税收等。
示例：您与开发商签订协议，允许其在您集体土地上修建商品房并对外销售，因违反“集体土地不得用于商品房开发”的强制性规定，协议无效。
3. 协议部分有效、部分无效的情形
若协议部分内容违法，但不影响其他部分效力的，其他部分仍有效。例如：
- 协议约定“房屋建成后归对方所有，但土地使用权仍归您”，其中关于房屋归属的约定可能因违反“房地一体”原则（房屋与土地使用权不可分离）而无效，但关于土地使用期限、补偿方式的约定仍有效。
4. 法律后果提示
- 协议有效：双方需按约定履行义务，若一方违约，另一方可要求继续履行、赔偿损失或解除合同。
- 协议无效：因无效协议取得的财产应返还，无法返还的应折价补偿；有过错的一方需赔偿对方损失（如修建房屋的成本）。
- 行政处罚风险：若房屋修建未取得规划许可，可能面临限期拆除、罚款等行政处罚。
建议
- 审查土地权属：确认土地使用权证是否齐全，权属是否清晰。
- 明确协议内容：在协议中明确土地使用范围、期限、房屋归属、补偿方式及违约责任。
- 办理审批手续：修建房屋前，依法向乡镇政府或自然资源部门申请乡村建设规划许可。
- 咨询专业律师：若涉及复杂法律问题（如土地性质、规划限制等），建议提前委托律师起草或审查协议，降低风险。
如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供详细解答。