关于在别人宅基地上合建房屋协议是否有效的问题，这确实是一个涉及多方面法律因素的复杂议题。下面，我将从协议的有效性、主体资格、协议内容以及后续可能涉及的问题等方面，为您进行详细、有深度的解答。
首先，协议的有效性并非一概而论，而是需要综合考量多个因素。其中，最为关键的是主体资格和协议内容。
主体资格：
- 若双方都是同一农村集体经济组织的成员，且符合当地的宅基地管理政策和法律法规，那么他们之间的合作建房协议在合法合规的情况下是有效的。这是因为宅基地是农村集体土地，本集体经济组织成员享有使用权益。
- 若非本集体经济组织成员参与建房，则协议通常无效。因为宅基地使用权具有身份属性和地域限制，非本集体成员不具备合法使用宅基地的权利。
协议内容：
- 协议内容必须明确各方权利义务、建房规划、产权归属等关键事项。若约定不明，易引发纠纷。
- 协议内容还需符合法律法规要求，否则会影响其有效性。例如，违反一户一宅原则并不直接影响合同效力（除非有明确法律规定该原则为合同效力的强制性规定），但若协议内容涉及其他违法违规行为，则协议可能无效。
接下来，我们还需要考虑后续可能涉及的问题：
- 产权归属：即便协议有效，在房屋建成后，产权的归属如何确定也是关键。是按合作双方的出资比例确定产权，还是有其他约定方式，都需要在协议中明确。
- 房屋转让与继承：后续若涉及房屋的转让、继承等情况，又该如何处理？这些都需要在协议中提前考虑并作出约定，以避免未来可能出现的纠纷。
此外，虽然违反一户一宅原则并不直接影响合同效力（在缺乏明确法律规定的情况下），但若房屋面积超出规定或涉嫌违建，可能会面临相关行政部门的处罚或拆除风险。因此，在签订合作建房协议前，务必确保房屋建设符合当地规划和法律法规要求。
综上所述，在别人宅基地上合建房屋协议的有效性并非绝对，而是需要综合考量主体资格、协议内容以及后续可能涉及的问题等多个因素。在签订协议前，建议咨询专业律师或当地相关部门，以确保协议的合法性和有效性。