结论：工程预付款合同中若未明确要求扣除暂列金额，一般情况下不需要扣除。但具体是否需要扣除，还需结合合同的具体条款、双方约定以及相关法律法规进行综合判断。
分析说明：
合同条款的明确性：
- 合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。如果合同中明确规定了工程预付款的支付方式、金额以及是否扣除暂列金额等条款，那么双方应严格按照合同约定执行。
- 若合同中未提及扣除暂列金额，则通常理解为不需要扣除。因为合同是双方协商一致的结果，未提及的事项应视为双方未达成一致，不应单方面进行扣除。
暂列金额的性质与用途：
- 暂列金额是工程合同中常见的一项费用，通常用于应对工程实施过程中可能出现的不可预见费用或变更费用。
- 暂列金额的使用通常需要经过双方协商一致，并按照合同约定的程序进行支付和结算。
- 如果合同中未规定预付款需要扣除暂列金额，且暂列金额尚未发生或未被使用，那么就没有扣除的依据。
相关法律法规的适用：
- 在处理工程预付款和暂列金额的问题时，应遵守相关法律法规的规定，如《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定。
- 如果法律法规或合同中有特别规定关于预付款和暂列金额的处理方式，那么应优先适用这些特别规定。
特殊情况与建议：
- 合同解释与争议解决：如果合同条款存在模糊或歧义，导致双方对是否需要扣除暂列金额产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，应充分考虑合同的目的、交易习惯以及诚实信用原则等因素。
- 合同变更与补充：如果双方在合同履行过程中发现原合同条款存在不足或需要变更，可以通过签订补充协议的方式对原合同进行修改和完善。在补充协议中，可以明确规定工程预付款是否需要扣除暂列金额等事项。
行动建议：
- 审查合同条款：首先，应仔细审查工程预付款合同的具体条款，特别是关于预付款支付方式、金额以及暂列金额处理方式的条款。
- 与对方协商：如果合同条款存在模糊或不明确之处，建议与对方进行协商，以达成一致意见并明确双方的权利和义务。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就是否需要扣除暂列金额达成一致意见，或者合同条款存在争议，建议寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。