核心结论：若被告注销了公司，且工程保证金已转为借款，您可以通过以下步骤进行起诉，以维护自身合法权益。

具体分析：

1. 确认借款事实及证据：

   • 借款合同或协议：首先，您需要确认是否存在书面的借款合同或协议，这是证明借款关系存在的最直接证据。如果当初工程保证金转为借款时，双方签订了相关协议，那么这份协议将是起诉的关键证据。
   • 转账记录或收据：除了借款合同，转账记录或收据也是证明借款事实的重要证据。它们可以证明您确实将款项支付给了对方，且对方已接收。
   • 其他证据：如聊天记录、邮件往来等，这些也可以作为辅助证据，证明双方之间存在借款关系。

2. 确定被告主体：

   • 公司注销情况：由于公司已经注销，您需要了解公司注销的具体情况，包括注销时间、注销原因、是否进行了清算等。这些信息将影响您确定被告主体的方式。
   • 股东或清算责任人：如果公司注销时未进行清算或清算不合法，您可以考虑将公司的股东或清算责任人作为被告。根据《公司法》及相关司法解释，股东或清算责任人在特定情况下需对公司债务承担连带责任。
   • 实际控制人：如果公司注销后，实际控制人仍在以其他方式继续经营或使用相关资产，您也可以考虑将实际控制人作为被告。

3. 准备起诉材料：

   • 起诉状：撰写起诉状，明确诉讼请求、事实和理由。在起诉状中，您需要详细陈述借款事实、被告主体信息、诉讼请求（如要求被告偿还借款本金及利息等）。
   • 证据材料：将上述确认的借款事实及证据整理成证据材料，包括借款合同、转账记录、收据、聊天记录等。
   • 其他材料：如原告身份证明、被告身份信息（如股东或清算责任人的身份信息）等。

4. 选择管辖法院并提起诉讼：

   • 管辖法院：根据《民事诉讼法》的规定，选择有管辖权的法院提起诉讼。通常，您可以选择被告住所地或合同履行地的法院。
   • 提起诉讼：将起诉状和证据材料提交给法院，并缴纳诉讼费用。法院在受理案件后，将安排开庭审理。

5. 参与庭审并等待判决：

   • 参与庭审：在庭审过程中，您需要按照法院的安排参与庭审活动，包括陈述事实、举证质证、辩论等。
   • 等待判决：庭审结束后，法院将根据事实和法律规定作出判决。如果判决支持您的诉讼请求，被告需要履行判决义务；如果被告不履行判决义务，您可以申请强制执行。

特别提示：

• 在起诉前，建议您先尝试与被告协商解决纠纷，以节省时间和成本。
• 如果对法律程序不熟悉或担心自身权益无法得到充分保障，可以随时向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。