针对您提出的“对方在本人公司虚开发票怎么处理”这一问题，这确实是一个涉及法律与税务的严肃话题。虚开发票不仅违反了税收法律法规，还可能对您的公司带来严重的法律后果和经济损失。以下是我为您详细梳理的处理流程与建议：
一、法律责任认知
首先，需要明确的是，虚开发票是违法行为，无论是个人还是公司，一旦被发现，都将面临严厉的法律制裁。这包括但不限于行政责任和刑事责任：
行政责任：根据《中华人民共和国发票管理办法》，虚开发票的，税务机关将没收违法所得，并根据虚开金额的大小，处以不同额度的罚款。
刑事责任：若虚开发票行为构成犯罪，如虚开增值税专用发票或用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定，面临有期徒刑、拘役以及罚金等刑事处罚。
二、处理流程
立即停止合作：一旦发现对方在您公司虚开发票，应立即停止与该方的所有业务合作，避免进一步陷入法律风险。
收集证据：迅速收集并整理所有与虚开发票相关的证据，包括但不限于发票、合同、交易记录、沟通记录等。这些证据将对于后续的税务稽查和法律诉讼至关重要。
主动报告税务机关：在收集到足够证据后，应主动向当地税务机关报告虚开发票的情况，并配合税务机关的稽查工作。这有助于减轻您公司的法律责任，并展示您公司的合规态度。
接受税务稽查：税务机关在接到报告后，会进行税务稽查，核实相关情况。在此过程中，您公司应积极配合，提供所需资料和证据。
根据稽查结果处理：
加强内部管理：无论稽查结果如何，您公司都应借此机会加强内部管理，完善发票管理制度，防止类似事件再次发生。
三、后果与影响
经济损失：虚开发票行为可能导致您公司面临罚款、滞纳金等经济损失。此外，若因虚开发票导致公司声誉受损，还可能影响业务合作和客户信任，进而造成间接经济损失。
信用受损：虚开发票行为将被记录在税务信用记录中，对您公司的信用产生负面影响。这可能导致您公司在贷款、投标等方面受到限制。
法律后果：若虚开发票行为构成犯罪，您公司及相关责任人可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役以及罚金等。这将对您公司的声誉和职业发展造成严重影响。
四、建议与预防措施
加强员工培训：定期对员工进行税务法规培训，提高员工的合规意识和风险识别能力。
完善发票管理制度：建立严格的发票管理制度，明确发票的开具、接收、审核和保管流程，确保发票的真实性和合法性。
定期自查自纠：定期对公司发票进行自查自纠，及时发现并纠正可能存在的问题。
寻求专业帮助：若对税务法规或发票管理存在疑问，可寻求专业税务顾问或律师的帮助，确保公司合规运营。
总之，面对对方在您公司虚开发票的情况，您应保持冷静，立即停止合作，收集证据，主动报告税务机关，并积极配合稽查工作。同时，加强内部管理，完善发票管理制度，防止类似事件再次发生。希望这些建议能对您有所帮助。