公司在走破产清算程序时，仍然可以申请仲裁，且该权利受到法律保护。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、法律依据与合法性
《中华人民共和国企业破产法》的相关规定：
- 根据该法，人民法院受理破产申请后，已经开始而尚未终结的有关债务人的民事诉讼或者仲裁应当中止；在管理人接管债务人的财产后，该诉讼或者仲裁继续进行。这一规定确保了仲裁程序的连贯性和有效性，不会因破产程序的启动而中断。
仲裁协议的效力：
- 如果债权人和破产企业之间事先签订了有效的仲裁协议，那么涉及该协议范围内的争议时，债权人可以按照仲裁程序申请仲裁。仲裁协议是双方自愿达成的解决争议的方式，具有法律约束力。
二、不同主体申请仲裁的情况
债权人与破产企业的仲裁：
- 债权人可以依据有效的仲裁协议，就与破产企业之间的债权债务关系申请仲裁。仲裁裁决的执行需遵循破产程序的统一安排，纳入破产财产的整体分配框架中，不能个别优先执行。
- 债权人在申请仲裁的同时，也需要在人民法院确定的债权申报期限内向管理人申报债权，以确保其在破产程序中的受偿权益。
劳动者与公司的劳动仲裁：
- 公司破产清算并不影响其法人主体资格的存在，在法人注销之前，公司仍需承担相应的法律责任，包括员工工资、经济补偿等。
- 劳动者可以依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，就与公司之间的劳动争议向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径，其裁决结果具有法律效力。
- 劳动者的仲裁请求可能需要与公司的破产清算程序相协调，以确保劳动者的权益得到合理保障。例如，劳动者的债权在破产程序中属于优先清偿范畴。
三、仲裁程序与注意事项
仲裁程序：
- 无论是债权人还是劳动者，在申请仲裁时，都需要提交相关的证据材料，如合同、发票、工资单等，以证明其主张的事实和理由。
- 仲裁机构受理后，会组织双方进行调解；调解不成，则依法进行裁决。裁决结果具有法律效力，双方需履行。
注意事项：
- 及时申报债权：对于债权人而言，及时申报债权是确保其在破产程序中受偿权益的重要步骤。即使已申请仲裁，也应在规定期限内完成债权申报。
- 关注破产进展：当事人需及时关注破产案件进展情况，配合破产管理人工作，确保仲裁与破产程序的有效衔接。例如，了解破产财产的分配方案、债权人的受偿顺序等。
- 注意仲裁时效性：劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者需在规定时间内提起劳动仲裁，以免丧失维权机会。
四、特殊情况与处理建议
- 仲裁程序与破产程序的协调：由于仲裁程序和破产程序均涉及复杂的法律问题，且可能相互影响，因此在实际操作中需注意两者的协调。例如，在仲裁过程中，如果破产程序有重大进展（如破产财产分配方案确定），仲裁程序可能需相应调整。
- 专业法律支持：由于破产程序和仲裁程序均涉及复杂的法律问题，建议在实际操作前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。作为专业律师，我可以为你提供全面的法律支持和指导。
综上所述，公司在走破产清算程序时，仍然可以申请仲裁以解决相关争议。但在实际操作过程中，需注意与破产程序的协调，并及时寻求专业法律支持以确保自身权益得到有效保护。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。