从法律实务角度，员工辞职后公司的处理方式主要涉及劳动关系终止手续、工资结算、经济补偿、档案转移、竞业限制与保密义务五大核心环节。以下是具体分析：

1. 劳动关系终止手续

根据《劳动合同法》第五十条，公司需在员工离职时出具解除或终止劳动合同的证明（离职证明），并在15日内办理档案和社会保险关系转移手续。

• 实务要点：
  
  • 离职证明需载明劳动合同期限、解除日期、工作岗位等信息，不得附加对员工不利的评价（如“能力不足”），否则可能构成侵权。
    
  • 若公司拖延出具离职证明，员工可主张赔偿因无法入职新单位造成的损失（需举证实际损失金额）。

2. 工资结算与经济补偿

• 工资结算：公司需在离职时一次性结清工资（包括加班费、奖金等），不得克扣或拖欠。若因财务流程需延期支付，需与员工书面约定支付时间，否则可能面临加付50%-100%赔偿金的风险（《劳动合同法》第八十五条）。
  
• 经济补偿：
  
  • 员工主动辞职：若因“个人原因”辞职，公司无需支付经济补偿；但若因公司未提供劳动条件、未足额支付工资等法定情形辞职，员工可主张N个月工资补偿（N为工作年限）。
    
  • 公司提出解除：若因经营困难、裁员等原因解除合同，需支付N或N+1个月工资补偿（具体看是否提前30日通知）。

3. 档案与社会保险转移

• 档案转移：公司需将员工人事档案移交至新单位或户籍所在地公共就业服务机构，不得扣留。若因档案问题导致员工无法办理社保、落户等，公司可能承担赔偿责任。
  
• 社保转移：公司需办理社保减员手续，并协助员工将社保关系转移至新单位或灵活就业账户。若未及时办理导致员工社保断缴，可能影响医疗、养老等权益，公司需承担补缴责任。

4. 竞业限制与保密义务

• 竞业限制：若劳动合同或保密协议中约定了竞业限制条款，公司需在离职后按月支付经济补偿（通常为离职前工资的30%-50%），否则员工可免除竞业限制义务。
  
• 保密义务：即使未约定竞业限制，员工仍需对在职期间知悉的商业秘密承担保密义务，公司可通过协议明确保密范围、期限及违约责任。

5. 特殊情形处理

• 员工拒不交接工作：公司可暂缓支付最后一个月工资（但需保留基本生活费），待交接完成后支付；若因员工故意拖延造成损失，可主张赔偿。
  
• 员工未归还公司财物：公司可通过法律途径追偿，但不得直接从工资中扣除（除非员工书面同意）。
  
• 涉密员工离职：公司可要求员工签署《脱密期承诺书》，但脱密期最长不得超过6个月，且需支付全额工资。

建议：公司应制定标准化的离职流程，包括离职面谈、工作交接清单、离职证明模板等，并留存书面记录，以降低法律风险。若涉及复杂情形（如高管离职、竞业限制纠纷），可进一步向我咨询具体操作方案。