针对两个不同主体公司如何进行劳动仲裁的问题，关键在于明确劳动关系归属，并据此确定仲裁对象和程序。以下从不同情况为你详细分析：
一、劳动关系明确归属于其中一家公司
确认劳动关系：
- 首先，你需要通过劳动合同、工资发放记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录等证据，明确你与哪家公司建立了劳动关系。
准备仲裁材料：
- 确定了劳动关系归属后，你需要准备与仲裁请求相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工作证明、解除或终止劳动合同的证明等。
提交仲裁申请：
- 向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，明确被申请人（即与你建立劳动关系的公司）、仲裁请求和事实理由。
参与仲裁程序：
- 按照仲裁委员会的通知参与仲裁程序，包括开庭审理、调解等环节。
二、劳动关系涉及两家公司，存在关联关系或混同用工
分析关联关系或混同用工情况：
- 如果两家公司存在关联关系（如母子公司、兄弟公司等），或者存在混同用工的情况（如同一批员工在两家公司轮流工作、工资由不同公司发放等），你需要收集相关证据来证明这一点。
确定仲裁策略：
- 根据关联关系或混同用工的具体情况，你可以选择将两家公司作为共同被申请人提起仲裁，或者选择其中一家公司作为被申请人，并在仲裁过程中申请追加另一家公司为共同被申请人。
准备仲裁材料：
- 除了基本的劳动合同、工资单等证据外，你还需要准备证明两家公司关联关系或混同用工的证据，如公司章程、股东名册、工资发放记录、工作安排记录等。
提交仲裁申请并参与程序：
- 向劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的通知参与仲裁程序。在仲裁过程中，你需要充分阐述两家公司之间的关联关系或混同用工情况，以及它们对你劳动权益的影响。
三、特殊情况处理
如果两家公司均否认劳动关系：
- 你需要通过收集更多证据来证明你与其中一家或两家公司存在劳动关系。这可能包括工作证、考勤记录、同事证言、工作邮件等。
如果仲裁过程中发现新证据或新情况：
- 你可以及时向仲裁委员会提交新证据或说明新情况，以便仲裁委员会更全面地了解案情并作出公正裁决。
在处理涉及两个不同主体公司的劳动仲裁案件时，建议你注意以下几点：
- 及时收集证据：劳动关系、工资发放、社保缴纳等证据是仲裁过程中的关键，务必及时收集并妥善保管。
- 明确仲裁请求：在提交仲裁申请前，务必明确你的仲裁请求和事实理由，以便仲裁委员会能够准确理解你的诉求。
- 寻求专业帮助：劳动仲裁案件涉及法律程序和专业知识，如果你对仲裁程序或法律条款不熟悉，可以向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。