事业单位人员被检察院不予起诉的处罚后果，需分情况讨论，具体如下：

1. 不予起诉的法定情形与后果
   根据《刑事诉讼法》第177条，检察院作出不起诉决定分为两种情形：

   • 法定不起诉（绝对不起诉）：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或符合《刑事诉讼法》第16条情形（如情节显著轻微、已过追诉时效等）。此时，事业单位人员不会因刑事指控承担责任，单位通常不会因此给予行政处分，但可能需接受内部调查以确认是否存在违纪行为。
     
   • 酌定不起诉（相对不起诉）：犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚。此时，虽不追究刑事责任，但事业单位可能依据《事业单位工作人员处分暂行规定》第21条，对涉及“损害国家声誉和利益、失职渎职”等行为的人员给予警告、记过、降级、撤职或开除等处分。

2. 不予起诉后的单位处理流程

   • 内部调查：事业单位通常需启动内部调查程序，核实员工行为是否违反单位规章制度或行业规范。例如，若员工因酒驾被酌定不起诉，单位可能依据《道路交通安全法》及内部纪律规定，给予行政处分。
     
   • 处分依据：处分需以“事实清楚、证据确凿”为前提，且应与违规行为的性质、情节及危害程度相适应。若检察院不起诉决定书中明确认定“情节轻微”，单位处分时应予以考量，避免过度惩处。
     
   • 申诉与救济：若员工对处分不服，可依据《事业单位工作人员申诉规定》申请复核或申诉，要求单位重新审查处分决定的合法性与合理性。

3. 特殊情形：涉及公共利益或行业禁入

   • 行业禁入：若员工行为涉及公共安全或行业特殊要求（如教育、医疗领域），即使检察院不予起诉，行业主管部门可能依据《行政许可法》《教师法》等规定，吊销其执业资格或禁止从事相关职业。例如，教师因性侵学生被酌定不起诉，教育部门可能依据《教师资格条例》撤销其教师资格。
     
   • 信用惩戒：部分地区将“不起诉但需行政处罚”的情形纳入社会信用体系，可能影响员工晋升、评优或参与公共项目。例如，因环境污染被酌定不起诉的企业负责人，可能被限制参与政府采购或招投标。

建议：

• 若您或您所在单位面临此类情况，建议首先核实检察院不起诉决定的具体类型（法定/酌定），并梳理员工行为是否违反单位规章制度或行业规范。
  
• 单位在作出处分决定前，应充分听取员工陈述与申辩，确保程序合法；员工若认为处分不当，可及时通过内部申诉或法律途径维护权益。
  
• 如需进一步分析具体案情或处分依据，可直接向我咨询，我将结合《事业单位工作人员处分暂行规定》《刑事诉讼法》及相关司法解释，为您提供专业意见。