结论：事业单位党员在检察院不予起诉的情况下，单位给予警告处分是否合适，需根据具体案情、单位规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从多个角度进行分析：
一、检察院不予起诉的含义与影响
检察院不予起诉，通常意味着检察院认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，因此决定不起诉。这并不意味着被不起诉人完全无过错，只是其行为未达到刑事犯罪的标准。对于事业单位党员而言，虽然检察院不予起诉，但若其行为违反了单位规章制度或党纪党规，单位仍可能依据相关规定给予处分。
二、单位给予警告处分的法律依据与合理性
法律依据：
- 根据《事业单位工作人员处分暂行规定》等相关法律法规，事业单位工作人员有违法违纪行为，应当给予处分的，由单位或者主管部门根据事实和情节，依法给予警告、记过、降低岗位等级或者撤职、开除等处分。
- 对于党员，还需遵守《中国共产党纪律处分条例》等相关规定，若违反党纪，同样可能受到党纪处分。
合理性分析：
- 行为性质：若事业单位党员的行为虽然未构成犯罪，但违反了单位规章制度或党纪党规，如违反职业道德、工作纪律等，单位给予警告处分是合理的。
- 情节轻重：警告处分是相对较轻的处分，适用于情节较轻的违法违纪行为。若行为情节严重，单位可能考虑给予更重的处分。
- 程序合规：单位在给予处分时，应确保程序合规，如听取被处分人的陈述和申辩、进行调查取证等，确保处分的公正性和合法性。
三、可能存在的争议与解决途径
争议点：
- 被处分人可能认为检察院不予起诉意味着其行为无过错，单位不应给予处分。
- 单位可能认为虽然检察院不予起诉，但被处分人的行为仍违反了单位规章制度或党纪党规，应给予相应处分。
解决途径：
- 内部申诉：被处分人可以向单位或上级主管部门提出申诉，要求重新审查处分决定的合法性和合理性。
- 法律途径：若内部申诉无果，被处分人可以依法向劳动争议仲裁机构或人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
四、建议与注意事项
对于被处分人：
- 了解并熟悉单位规章制度和党纪党规，避免违法违纪行为的发生。
- 若对处分决定有异议，及时提出申诉或寻求法律途径解决。
对于单位：
- 确保处分决定的合法性和合理性，遵循相关法律法规和单位规章制度。
- 在给予处分前，充分听取被处分人的陈述和申辩，进行调查取证，确保处分的公正性。
总结来说，事业单位党员在检察院不予起诉的情况下，单位给予警告处分是否合适，需根据具体案情、单位规章制度以及相关法律法规综合判断。若您对此有进一步疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。