在因部分违建造成责令停工的情况下，一般不可以就原建筑主体进行施工。以下从几个角度进行详细分析：
一、法律角度
违建的法律后果：
- 根据相关法律法规，违法建筑是指未经规划土地主管部门批准，未领取建设工程规划许可证或临时建设工程规划许可证，擅自建筑的建筑物和构筑物。对于违建，相关部门有权责令停止建设、限期拆除或者没收违法建筑物、构筑物或者其他设施，并可处以罚款。
停工令的效力：
- 当相关部门因违建发出停工令时，该命令具有法律效力，必须得到遵守。在停工令有效期内，任何继续施工的行为都可能构成违法，并可能面临更严厉的法律制裁。
原建筑主体的施工限制：
- 即使原建筑主体本身并非违建，但在部分违建导致整体项目被责令停工的情况下，通常意味着整个项目存在合规性问题。因此，在违建问题未得到解决之前，对原建筑主体进行施工很可能也会受到限制，以避免进一步扩大违法状态或造成安全隐患。
二、实践角度
施工许可的暂停或撤销：
- 在违建情况下，相关部门可能会暂停或撤销原有的施工许可。这意味着，即使原建筑主体本身符合规划要求，但在没有新的有效施工许可的情况下，继续施工也是违法的。
安全风险考虑：
- 违建往往伴随着安全隐患。在部分违建导致停工的情况下，继续对原建筑主体进行施工可能会加剧这些安全隐患，对施工人员和周边居民的生命财产安全构成威胁。
合规性审查：
- 在违建问题得到解决之前，相关部门可能会对整个项目进行更严格的合规性审查。这包括对原建筑主体的规划、设计、施工等方面的全面检查。在审查未通过之前，继续施工是不被允许的。
三、建议与后果
建议：
- 在面对因部分违建造成责令停工的情况时，建议立即停止所有施工活动，并积极配合相关部门的调查和处理工作。同时，应尽快咨询专业律师或相关机构，了解违建问题的具体性质和解决方案，以便及时采取措施纠正违法行为并恢复施工。
可能后果：
- 如果无视停工令继续施工，可能会面临更严厉的法律制裁，包括罚款、强制拆除违法建筑、吊销施工许可等。此外，还可能对个人或企业的声誉和信用造成严重影响，甚至影响未来的项目开发和合作机会。
综上所述，在因部分违建造成责令停工的情况下，一般不可以就原建筑主体进行施工。为了确保合法合规并避免不必要的法律风险和经济损失，建议严格遵守相关法律法规和停工令的要求，并积极寻求专业律师的帮助以解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。