施工单位在停工整改期间擅自施工属于违法行为，将面临行政处罚，情节严重的还可能承担刑事责任。具体处理方式如下：

1. 行政处罚：

   • 根据《中华人民共和国建筑法》第六十七条的规定，施工单位在停工整改期间擅自施工的，由建设行政主管部门或者其他有关部门责令改正，处以罚款。罚款的具体数额会根据违法行为的情节轻重、造成的后果等因素综合确定。
   • 同时，根据《建设工程安全生产管理条例》的相关规定，施工单位若未按照要求进行整改或擅自复工，还可能面临更严厉的行政处罚，包括但不限于责令停业整顿、降低资质等级、吊销资质证书等。

2. 刑事责任：

   • 如果施工单位在停工整改期间擅自施工，导致发生重大安全事故或其他严重后果的，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，施工单位及其直接负责的主管人员和其他直接责任人员可能构成犯罪，依法承担刑事责任。例如，可能构成重大责任事故罪、工程重大安全事故罪等。

3. 其他后果：

   • 除了行政处罚和刑事责任外，施工单位还可能因擅自施工行为而面临合同违约责任。如果施工合同中明确规定了停工整改期间的施工限制和违约责任，施工单位擅自施工可能构成违约，需要承担相应的违约责任。
   • 擅自施工还可能对施工单位的声誉和信誉造成负面影响，影响其未来的业务发展和市场竞争力。

建议：

• 施工单位应严格遵守相关法律法规和规章制度，在停工整改期间不得擅自施工。
• 如果施工单位认为停工整改决定存在错误或不合理之处，应通过合法途径提出异议或申请复议，而不是擅自施工。
• 施工单位应加强内部管理，提高法律意识和风险意识，确保施工活动的合法性和安全性。

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