企业变更主体而员工不愿意留任的情况下，企业可以采取以下措施来应对：
沟通协商，了解员工意愿与诉求
- 企业应首先与员工进行坦诚的沟通，了解他们不愿意留任的具体原因和诉求。这有助于企业更精准地制定应对策略，同时也体现了企业对员工的尊重和关怀。
- 在沟通过程中，企业可以详细解释变更主体的原因、目的以及可能带来的变化，包括但不限于工作环境、薪资待遇、职业发展等方面的调整，以便员工做出更明智的选择。
依据法律法规，妥善处理劳动关系
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业变更主体（如合并、分立等）并不影响劳动合同的履行，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。因此，企业应明确告知员工这一法律事实，并强调劳动合同的连续性。
- 若员工因企业变更主体而选择离职，企业应按照法律规定支付经济补偿金（如适用），并办理好离职手续，包括但不限于工资结算、社保转移、档案移交等。
- 若员工愿意留任，企业应与员工重新签订或变更劳动合同，明确新的用人单位、工作岗位、薪资待遇等条款，确保劳动合同的合法性和有效性。
提供合理补偿与激励，增强员工留任意愿
- 对于不愿意留任的员工，企业可以考虑提供一定的经济补偿或激励措施，如支付离职补偿金、提供职业推荐信、协助寻找新工作等，以减轻员工的离职负担和顾虑。
- 对于愿意留任的员工，企业可以通过提供晋升机会、加薪、培训等方式来增强他们的留任意愿和忠诚度，从而确保企业变更主体后的稳定运营。
关注员工心理与情绪，维护企业形象
- 企业变更主体可能给员工带来一定的心理压力和情绪波动，企业应关注员工的心理变化，及时提供心理疏导和支持，帮助员工度过适应期。
- 企业应积极维护自身形象，通过公开透明的方式向员工和社会公众解释变更主体的原因和目的，消除误解和疑虑，增强员工的信任感和归属感。
制定应急预案，应对可能的风险
- 企业应制定应急预案，以应对因员工不愿意留任而可能引发的劳动纠纷、业务中断等风险。预案应包括但不限于法律咨询、纠纷调解、业务交接等方面的措施和流程。
- 在制定应急预案时，企业应充分考虑各种可能的情况和因素，确保预案的可行性和有效性。
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