软件著作权合作开发协议可以盖合同章。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 合同章的法律效力：

   • 合同章是单位对外签订合同时使用的专用章，它代表了单位的意志和承诺。在法律上，合同章与公章具有同等的法律效力，只要合同内容合法、双方意思表示真实，且加盖了合同章，该合同即具有法律效力。

2. 软件著作权合作开发协议的性质：

   • 软件著作权合作开发协议属于民事合同的一种，它规定了合作双方在软件著作权开发过程中的权利、义务和责任。由于合同章具有签订合同的法律效力，因此，在软件著作权合作开发协议上加盖合同章是合法且有效的。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 确保合同内容合法：在签订软件著作权合作开发协议前，应确保合同内容符合相关法律法规的规定，不侵犯他人的合法权益。
   • 明确双方权利义务：合同中应明确双方的权利、义务和责任，包括但不限于开发进度、知识产权归属、收益分配等。
   • 加盖合同章的真实性：确保加盖的合同章是真实的、有效的，且代表单位的意志。避免使用伪造或过期的合同章。
   • 保留合同原件：签订合同后，应妥善保管合同原件，以备后续可能出现的纠纷或争议。

4. 可能遇到的法律问题及建议：

   • 合同纠纷：如果合作过程中出现纠纷或争议，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁，或者依法向人民法院提起诉讼。
   • 知识产权保护：在软件著作权合作开发过程中，应特别注意知识产权的保护。双方应明确知识产权的归属和分配方式，避免后续出现知识产权纠纷。

总结与建议： 软件著作权合作开发协议可以盖合同章，且加盖合同章是合法且有效的。在签订合同时，应确保合同内容合法、明确双方权利义务、加盖真实的合同章，并保留合同原件。如果合作过程中出现纠纷或争议，应及时寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。