软件定制开发协议中，仅写公司名称并在最后签字时只盖公司的章通常是可以的，但还需满足其他法定要件。以下是对此问题的详细分析：
一. 合同主体的确定
公司名称的明确性：在合同中明确写出双方公司的名称，是确定合同主体的基本要求。根据合同法的相关规定，合同主体必须是具有民事权利能力和民事行为能力的自然人、法人或其他组织。因此，在软件定制开发协议中，双方公司的名称必须清晰、准确地列出，以确保合同的主体明确。
公司章的法律效力：公司章代表公司的意思表示，具有法律效力。在合同上加盖公司章，是表明公司对该合同内容认可的一种方式。根据《民法典》第四百九十条的规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。”因此，在软件定制开发协议上加盖公司章，可以使合同成立并生效。
二. 合同的其他法定要件
合同内容的合法性：除了主体明确和盖章生效外，合同内容还必须合法。这包括合同的目的、条款等不得违反法律法规的强制性规定，不得违背公序良俗。在软件定制开发协议中，双方应确保合同内容合法，比如不得涉及侵犯第三方知识产权、不得违反软件开发的相关法律法规等。
合同双方的真实意愿：合同必须是双方真实意愿的表示。在签订软件定制开发协议时，双方应确保是在自愿、平等的基础上签订合同，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响。
三. 实际操作的建议
合同文本的完整性：虽然仅写公司名称并在最后签字时只盖公司的章可以满足合同成立的基本要求，但为了确保合同的完整性和明确性，建议在合同中详细列出双方公司的详细信息（如地址、联系方式等），并明确合同的目的、条款、违约责任等内容。
盖章的规范性：在盖章时，应确保章迹清晰、完整，并覆盖在合同约定的签字或盖章位置上。如果合同有多页，建议在每页上都加盖骑缝章，以防止合同被篡改。
我建议：在签订软件定制开发协议时，除了明确写出双方公司的名称并在最后签字时只盖公司的章外，还应确保合同内容的合法性、双方的真实意愿以及合同文本的完整性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。