协议拆迁补偿方案主要由市、县级人民政府确定的房屋征收部门拟定，并报请市、县级人民政府进行后续审批与论证。以下从不同角度为您详细分析：
一、制定主体与流程
拟定主体：
- 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定，房屋征收部门（如住房和城乡建设局、房地产管理局等）是拆迁补偿方案的拟定主体。这些部门具备专业的知识和经验，能够结合当地实际情况和政策要求，制定出合理可行的补偿方案。
政府论证与修改：
- 市、县级人民政府在收到房屋征收部门提交的补偿方案后，会组织包括发展改革、财政、国土资源、规划等部门在内的专家团队，从多方面对方案进行综合评估与论证。这一步骤旨在确保方案的科学性、民主性和合法性。
- 根据论证结果，政府会对方案进行必要的调整和优化，以确保方案既符合法律法规的要求，又能够满足被拆迁人的合理需求。
公开征求公众意见：
- 论证通过的方案需向社会公布，并征求公众意见，征求意见的期限不得少于30日。这一步骤是为了增强透明度，保障被拆迁人的知情权与参与权。
- 政府应认真考虑并回应公众提出的意见和建议，对方案进行进一步的修改和完善，以确保方案的合理性和可接受性。
听证会与最终确定：
- 若因旧城区改建等需要征收房屋，且多数被征收人认为征收补偿方案不符合规定时，政府应组织由被征收人和公众代表参加的听证会。
- 根据听证会情况，政府再次对方案进行修改，并最终确定拆迁补偿方案。这一步骤体现了政府对公众意见的尊重和回应，也是确保方案合理性和公正性的重要环节。
二、集体土地征收的特殊情况
- 虽然《中华人民共和国土地管理法》未明确提及集体土地征收的补偿方案由谁拟定，但在实践中，通常是由县级以上地方人民政府的自然资源主管部门会同有关部门拟定征地补偿安置方案。这是因为自然资源主管部门在土地管理方面具有专业优势，能够结合土地的性质、用途、区位等因素，合理确定补偿标准和安置方式。
- 县级以上地方人民政府负责公告并组织实施征地补偿安置方案，同时开展拟征收土地现状调查和社会稳定风险评估。征收范围、土地现状、征收目的、补偿标准、安置方式和社会保障等信息需在拟征收土地所在的乡（镇）和村、村民小组范围内公告至少三十日，以充分保障被征地农民的知情权、参与权和监督权。
三、法律建议与注意事项
关注方案制定过程：
- 被拆迁人应密切关注拆迁补偿方案的制定过程，包括方案的拟定、论证、公布、征求意见等环节。这有助于被拆迁人及时了解方案内容，提出自己的意见和建议，维护自己的合法权益。
积极参与公众意见征求：
- 在方案公布并征求公众意见时，被拆迁人应积极参与，提出自己的合理诉求和建议。政府应认真对待并回应这些意见和建议，对方案进行必要的修改和完善。
了解听证会程序：
- 若因旧城区改建等需要征收房屋，且多数被征收人认为征收补偿方案不符合规定时，政府应组织听证会。被拆迁人应了解听证会的程序和要求，积极参与听证会，表达自己的意见和诉求。
寻求法律帮助：
- 如果被拆迁人对拆迁补偿方案有疑问或认为方案存在不合法、不合理的情况，可以及时向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律建议和帮助。
总结：协议拆迁补偿方案的制定是一个复杂而严谨的过程，涉及多个法律主体和环节。被拆迁人应密切关注方案制定过程，积极参与公众意见征求和听证会等活动，维护自己的合法权益。如果您对具体的拆迁补偿方案有疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。