结论：在助贷公司签的协议里约定“助贷公司还不上款，借款义务仍由甲方承担”是否合法，需分情况讨论，若甲方为借款人，该条款可能合法但显失公平；若甲方为担保人，则需根据担保类型及具体约定判断合法性。以下为详细分析：

一、若甲方为借款人

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方在平等、自愿的基础上，可以约定合同的内容。因此，从合同自由的角度来看，助贷公司与借款人（甲方）在协议中约定“助贷公司还不上款，借款义务仍由甲方承担”并不直接违反法律规定。

2. 显失公平原则：然而，该条款可能因显失公平而被认定为无效或可撤销。如果助贷公司在协议中利用其优势地位，迫使借款人接受不公平的条款，或者该条款明显对借款人不利，那么该条款可能因显失公平而被法院或仲裁机构认定为无效或可撤销。

3. 实际履行情况：此外，即使该条款在协议中存在，其实际履行情况也会影响其合法性。如果助贷公司确实无法还款，而借款人（甲方）也无力承担借款义务，那么该条款可能因无法实际履行而失去法律效力。

二、若甲方为担保人

1. 担保合同性质：如果甲方在协议中作为担保人出现，那么该条款的性质就发生了变化。担保合同是主债权债务合同的从合同，其目的在于保障主债权债务合同的履行。因此，担保人的责任通常是在债务人（助贷公司）无法履行债务时，由担保人承担还款责任。

2. 担保类型与责任：

   • 一般保证：如果甲方承担的是一般保证责任，那么在合同纠纷未经审判或仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，甲方有权拒绝承担保证责任。因此，如果协议中约定“助贷公司还不上款，借款义务仍由甲方承担”，且甲方为一般保证人，那么该条款可能因违反一般保证的规定而无效。
   • 连带责任保证：如果甲方承担的是连带责任保证责任，那么债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的情形时，债权人可以请求债务人履行债务，也可以请求保证人在其保证范围内承担保证责任。在这种情况下，如果协议中约定“助贷公司还不上款，借款义务仍由甲方承担”，且甲方为连带责任保证人，那么该条款可能是合法的，但甲方在承担保证责任后，有权向债务人（助贷公司）追偿。

3. 担保合同无效情形：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果主债权债务合同无效，担保合同也将无效（法律另有规定的除外）。此外，担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。因此，如果协议中的该条款因违反法律、行政法规的强制性规定或者公序良俗而无效，那么甲方可能无需承担借款义务。

三、法律建议

1. 审查协议条款：在签订协议前，甲方应仔细审查协议条款，特别是关于借款义务和担保责任的条款。如果发现条款存在不公平、不合理或者违法的情况，应及时提出异议并协商修改。

2. 咨询专业律师：如果甲方对协议条款存在疑问或者不确定其合法性，建议咨询专业律师。律师可以根据甲方的具体情况和协议内容，提供专业的法律意见和建议。

3. 保留证据：在签订协议和履行协议过程中，甲方应保留好相关证据，如协议文本、转账记录、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。

4. 及时维权：如果甲方认为自己的权益受到侵害，应及时采取措施维权。这包括与助贷公司协商、向相关部门投诉或者提起诉讼等。

有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。