在交通事故中，若双方为主次责任且修车费用均不超两千元（这里假设双方修车费用各自不超过两千，或总费用在交强险可覆盖范围内），两车维修费的计算主要遵循交强险先行赔付的原则。以下是对此问题的详细分析：

1. 交强险先行赔付：

   • 责任限额：交强险的财产损失赔偿限额通常为2000元。这意味着，无论事故责任如何划分，双方的交强险都会先在2000元的限额内对对方的车辆维修费用进行赔偿。
   • 赔付方式：若双方车辆均投保了交强险，则各自车辆的交强险保险公司在责任限额内进行赔付。例如，若A车和B车发生事故，A车的维修费用为1500元，B车的维修费用为1000元，那么A车的交强险将赔付B车1000元，B车的交强险将赔付A车1500元（在各自交强险财产损失赔偿限额内）。

2. 超出部分的处理（虽本题未直接涉及，但为全面理解提供说明）：

   • 若维修费用超出交强险的赔偿限额，超出部分将根据事故责任的比例进行分担。通常，主要责任方承担70%，次要责任方承担30%，但具体比例可能因地区差异而有所不同。不过，在本题中，由于假设修车费用不超两千，因此这一步骤实际上不适用。

3. 特殊情况与注意事项：

   • 多方车辆或复杂情况：若事故涉及多方车辆或其他复杂情况，如存在第三方责任人、车辆存在保险免责情形等，计算方法会更加复杂。但本题仅涉及两车，故无需深入讨论。
   • 保存证据：务必保存好修车发票、事故现场照片、交警出具的责任认定书等相关证据，以便在索赔时使用。
   • 保险条款：不同的保险条款可能会有不同的规定，因此在计算赔偿金额时需参考具体的保险条款。不过，在交强险的框架内，这些差异通常不会影响基本的赔付原则。
   • 及时报案：发生事故后应及时向保险公司和交警部门报案，以便后续处理。

举例说明： 假设A车和B车发生交通事故，A车负主要责任，B车负次要责任。A车的维修费用为1800元，B车的维修费用为1200元。由于双方均投保了交强险，且维修费用均未超过2000元的赔偿限额，因此：

• A车的交强险将赔付B车1200元；
• B车的交强险将赔付A车1800元。

这样，两车的维修费用均得到了全额赔付，且无需考虑超出交强险赔偿限额的部分。

总结与建议： 在交通事故中，若双方为主次责任且修车费用均不超两千元（或总费用在交强险可覆盖范围内），两车维修费的计算主要遵循交强险先行赔付的原则。双方应保存好相关证据，及时报案，并尽量通过协商解决问题。若协商不成，则可寻求法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。